HAC 发表于 2024-9-29 19:41 必须和优化时严格一致 |
HAC 发表于 2024-9-29 10:49 需要 |
sobereva 发表于 2022-9-28 10:23 sob老师，你好，算表面吸附问题中结构优化是考虑了XY方向的周期性，振动分析时是同样考虑XY方向的周期性还是NONE呀 |
sobereva 发表于 2022-9-28 10:23 sob老师，请问我研究表面催化问题，结构优化的时候固定了最底下两层原子，我做振动分析来得到自由能热矫正量时需要固定最底下两层原子吗？ |
sobereva 发表于 2022-9-28 10:23 嗯嗯衷心感谢sob老师的回复。弄得比较细长是担心计算时间的问题（毕竟在再Z轴再扩胞一次原子数又多了一倍）。按照老师您说的三个方向至少都大于15A，那我再重新建模试试。 |
confidence 发表于 2022-9-27 10:43 你弄的超胞结构比较莫名其妙，为什么那么细长？ 对于计算体相情况来说，三个方向应该长度尽量相近，都最好>20埃（至少>15埃） FeCl2是二维体系，那个例子里扩胞方式对于你的情况没有参考性 |
sobereva 发表于 2022-9-27 10:13 老师抱歉，我最后弄的inp文件在Multiwfn中显示并没有真空区了（在Multiwfn扩胞后保存为cif文件，再将该cif导入Multiwfn生成inp文件），5楼那幅图不是最终inp的图。的确是体相二氧化钛呢。 这样子应该就没啥问题了吧？ |
confidence 发表于 2022-9-27 09:39 我不知道你实际研究的是什么 如果是体相二氧化钛，不应当扩出真空区 |
sobereva 发表于 2022-9-27 03:03 嗯嗯谢谢sob老师的回答，那像我在5楼贴的图那样子在Z轴扩了一次胞，应该会稍微好一些可以使用吧？ |
| 你当前的目的是获得力常数，不是表面吸附问题，不能固定任何原子 |
Eudaimonia 发表于 2022-9-26 16:35 CP2K是通过有限差分方式计算频率，所以相当于做了6N次单点任务(每个方向上前后各移动dx距离)，对大体系做振动分析巨耗时。所以对于表面吸附反应，做振动分析时我们往往是固定slab的原子，Hession矩阵也是相当于取了一部分子矩阵求解频率，这种近似方式也是为了妥协计算速度。 |
Eudaimonia 发表于 2022-9-26 16:35 好呢，谢谢老师的耐心回答，那我知道怎么设置fix了。就是得看看sob老师这边怎么建议，如果对于Hessian没有影响我就采用fix好了 |
confidence 发表于 2022-9-26 16:27 fix在multiwfn里可以设置，原子编号，将文件直接载入multiwfn以后按0可以确定原子编号 得到Hessian就不确定有什么影响了 |
Eudaimonia 发表于 2022-9-26 16:11 嗯嗯谢谢老师的回复，是的我就是因为考虑到大体系做振动分析耗时太长，所以才尽可能想着让体系较小（故没有在Z方向扩胞，所以被sob老师说成那么薄的一块板） 然后Multiwfn进行扩胞的操作我也试过了，现在已经正常获得了没有真空区的inp文件。（尽可能不是太薄，原子数现在96） 不知道老师您说的固定大部分原子在cp2k中是怎么操作的呢？我主要是为了得到Hessian来获取力常数，不知道如果固定了会不会有影响呢？ |
手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图
GMT+8, 2024-11-23 13:38 , Processed in 0.191446 second(s), 26 queries , Gzip On.
组图打开中，请稍候......
收藏 Add to favorites