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用cp2k跑重金属离子吸附体系的AIMD，结果全跑散了

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wudiazhu

发布时间: 2022-9-26 20:39

正文摘要:

各位老师好，在cp2k中想要通过AIMD模拟一个有机分子吸附溶液中Cd2+离子的过程，初始构建了1个有机分子（电中性）、5个Cd2+、10个Cl-（用于保持体系电中性）与50个水的盒子，如下图1，结果90步后全跑散了，分子的键 ...

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wudiazhu 发表于 Post on 2022-9-27 09:17:56

sobereva 发表于 2022-9-27 02:45
“设置有机分子为电中性，Cd带2个正电荷，Cl带1个负电荷” 毫无意义，这不是你自己设的，带电情况是在计算 ...

了解了，感谢sob老师。

sobereva 发表于 Post on 2022-9-27 02:45:06

“设置有机分子为电中性，Cd带2个正电荷，Cl带1个负电荷” 毫无意义，这不是你自己设的，带电情况是在计算过程中自发调节的

看下文末尾的文字
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82

另外，GFN1-xTB也不是什么体系都适用，对有的体系甚至表现得很离谱。在AIMD之前先做个结构优化，不仅可以大幅消除初始结构里可能存在的很大斥力，还可以根据结果粗略检验一下GFN1-xTB对当前体系的适用性。

wudiazhu 发表于 Post on 2022-9-26 23:17:52

丁越发表于 2022-9-26 21:30
先要进行结构优化，避免不合理接触产生的斥力导致原子初速度太大使其跑飞

好的，谢谢老师的建议

wudiazhu 发表于 Post on 2022-9-26 23:17:16

chands 发表于 2022-9-26 21:09
你开了三个方向的PBC。盒子边缘的水分子与PBC镜像里的水分子距离太近，斥力太大，导致初速度很大，容易跑散 ...

好的感谢老师，我试试

丁越 发表于 Post on 2022-9-26 21:30:02

先要进行结构优化，避免不合理接触产生的斥力导致原子初速度太大使其跑飞

chands 发表于 Post on 2022-9-26 21:09:55

你开了三个方向的PBC。盒子边缘的水分子与PBC镜像里的水分子距离太近，斥力太大，导致初速度很大，容易跑散。

建议盒子边缘适当留空。

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