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求助:关于Amber中参数restraint_wt的设置

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发布时间: 2022-9-29 10:53

正文摘要:

本帖最后由 阿志 于 2022-9-29 14:37 编辑 各位老师好,我对于参数restraint_wt的设置,有些不太懂,因为有些博文显示设置的只有2、3、4很小的值,有些博文显示上百,所以我不懂这个参数设置的标准是什么?我看到 ...

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阿志 发表于 Post on 2022-9-30 19:54:53
Frozen-Penguin 发表于 2022-9-30 17:56
想要强约束就写几百,不想要强约束就写小一点,先弄清楚约束的目的再决定应该加强约束还是弱约束。

好的,谢谢老师的回答
Frozen-Penguin 发表于 Post on 2022-9-30 17:56:41
阿志 发表于 2022-9-29 14:39
我在问题里补充了一张图,麻烦您看一下,这种情况我应该设置为多少呢?

想要强约束就写几百,不想要强约束就写小一点,先弄清楚约束的目的再决定应该加强约束还是弱约束。
阿志 发表于 Post on 2022-9-29 14:39:00
Frozen-Penguin 发表于 2022-9-29 12:29
这个设置可以让某些原子固定在参考位置不动,因为化学键的长度在模拟中一般是不会变的,并且键长的能量形式 ...

我在问题里补充了一张图,麻烦您看一下,这种情况我应该设置为多少呢?
Frozen-Penguin 发表于 Post on 2022-9-29 12:29:35
这个设置可以让某些原子固定在参考位置不动,因为化学键的长度在模拟中一般是不会变的,并且键长的能量形式和位置限制相似,所以设置和键长差不多大的力常数就可以让原子几乎不动。如果只想加弱约束,就应该设置更小的力常数。

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