请问一下楼主，是如何用material studio修复的结构呢

caofan_success 发表于 2017-1-9 11:46
明白，晶体解析软件加氢大都是叫“理论加氢”，在计算的角度看应该是很粗糙的，除非非常精确的测试能直接 ...

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sobereva 发表于 2017-1-8 23:50
氢必须优化，因为根本实验上没法测，晶体文件里的氢都是经验性地加上去的，根本不准。

明白，晶体解析软件加氢大都是叫“理论加氢”，在计算的角度看应该是很粗糙的，除非非常精确的测试能直接定出H的位置。
那就是至少要优化氢，如果要求不高的话，主题框架可以用晶体测试得到的坐标来计算，这样理解对不对，sob老师？

caofan_success 发表于 2017-1-8 22:50
晶体结构在计算前也需要优化吗？看文献里面有整体优化的，有只优化氢的，对于金属配合物也有按照最高自旋态 ...

氢必须优化，因为根本实验上没法测，晶体文件里的氢都是经验性地加上去的，根本不准。

看
实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题
http://sobereva.com/569

晶体结构在计算前也需要优化吗？看文献里面有整体优化的，有只优化氢的，对于金属配合物也有按照最高自旋态优化，然后其他自旋态能量都按照这个优化结果来计算。哪种方式比较合理，还是都要尝试？

灰飞的旋律 发表于 2016-9-16 18:49
为啥用高斯算晶体结构，不是都说高斯算出来的结果不好吗

不是结果不好，而是功能弱，三维时效率低。

为啥用高斯算晶体结构，不是都说高斯算出来的结果不好吗

晓来雨过 发表于 2016-5-14 10:00
但是，有没有人发现，用mercury转存mol2后，再用gv打开，经常出现键都是乱联的状态

我的也出现了乱连的情况，请问还有什么其他方法提取cif的坐标呢？谢谢！

这个问题，目前我还没发现过

但是，有没有人发现，用mercury转存mol2后，再用gv打开，经常出现键都是乱联的状态

用gview打开cif文件后，直接另存为gjf格式就可以的。mol2格式是没有周期性的。

已经安装mercury，顺利保存为mol2类型的文件了，谢谢大家。

用Chemoffice打开另存为你需要的格式就行了。如高斯为 .gif

用Mercury打开cif文件，另存为mol2。Gview能打开mol2文件。