求助簇模型计算小分子在COF孔道中的迁移能垒

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发布时间: 2022-10-5 10:37

各位老师，我最近想模拟小分子氨基酸穿越cof孔道时的迁移能垒。最开始的想法，因为是材料计算，比较典型的手段还是采用第一性原理，但是用vasp计算的时候，发现有两个主要问题：（1）氨基酸在水中解离产物，以及CO ...

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shengd13 发表于 Post on 2022-10-6 10:30:52

七尺贱发表于 2022-10-5 19:41
富勒烯穿越CPP碳环时，有的文章只优化了位置3，剩下的位置都是单点，类似于做了一个刚性的扫描

谢谢您的回复，这个做法确实是当下对于我来说最易实施的方案了

七尺贱 发表于 Post on 2022-10-5 19:41:54

富勒烯穿越CPP碳环时，有的文章只优化了位置3，剩下的位置都是单点，类似于做了一个刚性的扫描

shengd13 发表于 Post on 2022-10-5 18:18:36

wzkchem5 发表于 2022-10-5 15:51
这种体系建议用metadynamics计算，因为可能的穿越孔道的构象太多了，必须对所有构象做Boltzmann平均，而且 ...

好的，谢谢，我再学习一下metadynamics

wzkchem5 发表于 Post on 2022-10-5 15:51:41

这种体系建议用metadynamics计算，因为可能的穿越孔道的构象太多了，必须对所有构象做Boltzmann平均，而且存在很多非谐性振动模，谐振近似也不适用，所以按过渡态理论算的能垒会非常不靠谱。

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