wzkchem5 发表于 2022-10-8 03:01
如果要截取石墨烯的话，光注意补氢的问题还不够，还要注意让这个结构能画出单双键交替、没有自由基的共振 ...

学习了，

chuan437 发表于 2022-10-7 16:11
你好，这是截取的簇模型，周围的是悬挂键饱和氢。

如果要截取石墨烯的话，光注意补氢的问题还不够，还要注意让这个结构能画出单双键交替、没有自由基的共振式。像你现在这种截法，你去画它的共振式，会发现无论如何都会有两个碳上有自由基，这样会高估石墨烯的反应性（比如高估它向过硫酸转移电子的能力），因为真实的石墨烯在基态时是没有自由基的。
此外还有一个次要问题，就是尽量让所有碳都成环，不要有CH2这种基团，不然也会高估石墨烯的反应性，比如本来过硫酸跟石墨烯可能不太容易反应，但你搞了一个端烯的基团在里面，可能分分钟就被环氧化了，也就是说你会高估石墨烯被过硫酸氧化成氧化石墨烯的容易程度。

Childhood 发表于 2022-10-6 23:26
从下面那个稠环体系的氢个数来说，感觉至少带了两个自由基。所以可能，在整体的能量最小状态下的波函数，不 ...

你好，这是截取的簇模型，周围的是悬挂键饱和氢。

chuan437 发表于 2022-10-5 21:54
结构不一样，但是考虑距离很远交互作用很小，可近似为单体能量之和，我是这样想的。

首先要保证复合物里两个单体的几何结构 与 孤立的两个单体的几何结构一致，然后再讨论相加能量等不等的问题，然后才是SCF是否收敛到什么解的问题（这不是什么难题，如果你保证了结构的统一，届时还算出不对应的解，可以上传输入文件，我们可以较为轻松地帮你算出来）。讨论多因素问题时建议先控制变量，便于对问题一击即中。

从下面那个稠环体系的氢个数来说，感觉至少带了两个自由基。所以可能，在整体的能量最小状态下的波函数，不等于两个部分都在能量最小下的波函数的加和。建议再看一下体系是否合理。

ionexchangeC 发表于 2022-10-6 11:37
这也和你使用的理论方法有关，比如CI系列就没有大小一致性

我是用dft算的，感觉上还是收敛到了不同的波函数上。

granvia 发表于 2022-10-6 12:03
相距100埃！ 感觉DFT处理这样的模型会problematic，还有在技术上说波函数是否容易正确收敛？

不知道是不是收敛的问题，但程序上给出的是normal termination。

sobereva 发表于 2022-10-6 20:38
看看单体的原子电荷加和是否正好等于整数
如果之前用的DFT，看看HF什么情况

我明白了，不应该这么近似。其实当时是想偷懒算个吸附能，吸附能=吸附时的单点能-分子拉开的单点能？
看来还是老老实实算两个单体比较好。

看看单体的原子电荷加和是否正好等于整数
如果之前用的DFT，看看HF什么情况

相距100埃！ 感觉DFT处理这样的模型会problematic，还有在技术上说波函数是否容易正确收敛？

这也和你使用的理论方法有关，比如CI系列就没有大小一致性

chuan437 发表于 2022-10-5 21:54
结构不一样，但是考虑距离很远交互作用很小，可近似为单体能量之和，我是这样想的。

结构不一样，理论上能量是不一样，我不知道差多大（大分子有可能相差不小），不过你可以同一个分子两个不同结构算一遍对比一下。

当然如楼上所说，如果波函数收敛到沟里去了，那也差很大。

wzkchem5 发表于 2022-10-5 22:20
看原子电荷、自旋布居、前线轨道、自旋密度等，看是否符合化学常识

好的，非常感谢

chuan437 发表于 2022-10-5 14:58
差距有30多千卡每摩，我感觉这就已经不是误差能解释的了。
请问怎么能判断scf是否收敛到正确的波函数， ...

看原子电荷、自旋布居、前线轨道、自旋密度等，看是否符合化学常识