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求助在模拟过程中发生键断裂的问题

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sxj886

发布时间: 2022-10-8 10:23

正文摘要:

求助各位老师，近日模拟H4B4O9、K+、water的体系时，只跑了em和eq，所用力场为amber99sb-ildn.ff，H4B4O9是自建力场。发现跑完em之后存在“断键”的情况，反复调整H4B4O9的sigma和epsilon这两个参数，发现仍存在不同 ...

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sxj886 发表于 Post on 2022-10-8 21:43:37

sobereva 发表于 2022-10-8 19:31
那不叫断键，而叫VMD没显示出键
从距离就知道，明显B-O还是成键的距离范畴，你让VMD把键显示出来就完了， ...

好的，谢谢sob老师，之前我看过您这篇帖子，但是我不确定是不是这个情况，所以来确认下，谢谢老师！

sobereva 发表于 Post on 2022-10-8 19:31:06

那不叫断键，而叫VMD没显示出键
从距离就知道，明显B-O还是成键的距离范畴，你让VMD把键显示出来就完了，参看
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）
由于力场参数的平衡距离原因，以及实际模拟时键伸缩运动的原因，有的结构下成键的原子间距离超过VMD判断阈值是司空见惯的事请。

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