计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 求助对于分析萃取体系内相互作用对象选取

求助对于分析萃取体系内相互作用对象选取

查看数: 2313 | 评论数: 2 | 收藏 Add to favorites 2

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

sxj886

发布时间: 2022-10-10 16:06

正文摘要:

本帖最后由 sxj886 于 2022-10-10 16:07 编辑各位老师好，本人刚刚开始学习gromacs，使用amber99sb-ildn力场模拟醇萃取硼酸，体系中含有甲苯、异辛醇、硼酸和水。在分析相互作用能的过程中，对于分析对象的选取 ...

回复 Reply

sxj886 发表于 Post on 2022-10-10 17:34:33

sobereva 发表于 2022-10-10 16:55
这种问题应当用GAFF而非AMBER，看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ2里面相关文字

1 所有类型分子之 ...

好的，谢谢sob老师的回复！

sobereva 发表于 Post on 2022-10-10 16:55:06

这种问题应当用GAFF而非AMBER，看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ2里面相关文字

1 所有类型分子之间都有相互作用，只不过强弱程度不同而已。如果你想找出有较强相互作用的，写个脚本，考察A类分子附近B类分子数目，如果平均每个A类分子较近距离内B类分子较多，说明应当有相对较强相互作用使他们容易在近距离出现。用rdf也可以。

2 搞清楚怎么在VMD里对cube文件里记录的格点数据显示等值面。如果对VMD操作不熟，用下文的脚本，注意恰当选择isovalue
在VMD里将cube文件瞬间绘制成效果极佳的等值面图的方法
http://sobereva.com/483（http://bbs.keinsci.com/thread-13329-1-1.html）

3 sl2r.cub文件不在当前目录下。VMD的文本窗口里输入pwd弄清楚当前目录是什么

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register