confidence 发表于 2023-8-5 16:24
我最初选择CHARMM力场是想给蛋白生成拓扑文件，最后在sob老师指导下改用了AMBER力场。

至于TiO2的话， ...

请问：你的复合物TiO2的电荷怎么算的？求指点

jim 发表于 2023-8-5 11:54
谢谢！我见您最初选择的是CHARMM，但是sobtop中没有，请问您选择下面哪一项呢？
1 Assign UFF atom type ...

我最初选择CHARMM力场是想给蛋白生成拓扑文件，最后在sob老师指导下改用了AMBER力场。

至于TiO2的话，就是用了这里的第二项

confidence 发表于 2023-8-5 10:55
用sobtop生成itp的

谢谢！我见您最初选择的是CHARMM，但是sobtop中没有，请问您选择下面哪一项呢？
1 Assign UFF atom types for all undetermined atoms
2 Assign GAFF atom types first and then UFF, then go to next step
3 Assign GAFF atom types as much as possible
4 Assign AMBER atom types as much as possible
5 Assign atom types according to the rule in assign_AT.dat file
6 Manually set atom type for selected atoms
7 Make all atom types to undetermined state
9 Show all current atom types on screen
能否加您的QQ详细请教一下？谢谢

jim 发表于 2023-8-4 22:30
太感谢了，也在做TiO2，请问您是用CHARMM生成TiO2拓扑文件的是吧？

用sobtop生成itp的

confidence 发表于 2023-5-17 09:45
Wu X, Hao P, He F, et al. Molecular dynamics simulations of BSA absorptions on pure and formate-co ...

太感谢了，也在做TiO2，请问您是用CHARMM生成TiO2拓扑文件的是吧？

zhanging 发表于 2023-5-16 20:45
TIO2的参数是那篇文献中给出的，可以给一下吗？

Wu X, Hao P, He F, et al. Molecular dynamics simulations of BSA absorptions on pure and formate-contaminated rutile (1 1 0) surface[J]. Applied Surface Science, 2020, 533: 147574.

TIO2的参数是那篇文献中给出的，可以给一下吗？

confidence 发表于 2022-10-26 16:10
嗯嗯谢谢sob老师，经过不断将水分子删减后我发现当我构建如图所示的初始模型时，就能顺利的把em/npt/md跑 ...

可以模拟

没有明确的解释，无非就是初始结构有不合理接触之类问题，或者mdp设置等等影响模拟稳定性问题

confidence 发表于 2022-10-25 19:42
谢谢sob老师的回复
1、我按照您说的改为各向异性控压后的确能顺利跑完了，而且不会存在上图那些洞。但是 ...

1 各项同性控压时盒子三个方向变化的幅度是相同的，显然这会导致由于slab在XY方向上撑着盒子，令Z方向没法自如地变化尺寸来消掉真空区

2 只能一点点调试

confidence 发表于 2022-10-24 17:46
谢谢sob老师的回答，经过这几天的尝试，又遇到了一些新的问题
1、跑TiO2与蛋白时，发现md结果如图，其pr ...

我没时间具体看你的文件。如果不是各向异性控压，用各向异性控压。如果已经是的话，调调压浴参数，或者尝试其它压浴

Bi2O3的情况，一点点加水，反复测试

confidence 发表于 2022-10-20 12:25
谢谢sob老师的回答
1、我尝试着把水单独作为控温组，简单跑了一下0.5ns的npt后发现水还是存在一样的情况 ...

2 如果你是指直接对原胞平移复制，得到表面，那有没有意义就看你要研究什么晶面与水的作用了。

3 是