求助多配体存在相互作用时RESP2电荷计算

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发布时间: 2022-10-11 21:48

最近在做蛋白配体复合物的模拟，根据PDB初始结构及原文描述，蛋白口袋很大可容纳两个配体，两个配体初始结构的朝向如图所示。力场选择打算蛋白AMBER14SB O ...

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uenh1998 发表于 Post on 2023-12-21 16:37:52

ngaoo 发表于 2023-12-18 15:31
您好，我想问下，你在计算配体的resp(2)电荷时，配体的溶液环境是什么环境，我看你做的是蛋白和配体的动 ...

是的

ngaoo 发表于 Post on 2023-12-18 15:31:24

uenh1998 发表于 2022-10-14 21:27
谢谢社长，我调整下

您好，我想问下，你在计算配体的resp(2)电荷时，配体的溶液环境是什么环境，我看你做的是蛋白和配体的动力学，那配体的溶剂环境是水吗？

uenh1998 发表于 Post on 2022-10-14 21:27:35

sobereva 发表于 2022-10-14 21:26
可以

谢谢社长，我调整下

sobereva 发表于 Post on 2022-10-14 21:26:28

uenh1998 发表于 2022-10-14 21:26
请问社长，固定某些柔性过大的碳骨架可以吗

可以

uenh1998 发表于 Post on 2022-10-14 21:26:15

sobereva 发表于 2022-10-14 21:24
可以适当做一些固定（不一定是原子坐标，可以是冻结某些二面角）以免优化时构象偏离实际结合状态过多

请问社长，固定某些柔性过大的碳骨架可以吗

sobereva 发表于 Post on 2022-10-14 21:24:17

uenh1998 发表于 2022-10-14 20:35
还想请教社长一个问题，计算一个长链配体的RESP2电荷时，在结构优化阶段，配体构象变化很大， ...

可以适当做一些固定（不一定是原子坐标，可以是冻结某些二面角）以免优化时构象偏离实际结合状态过多

uenh1998 发表于 Post on 2022-10-12 09:07:57

sobereva 发表于 2022-10-12 01:53
两个配体单独算
模拟过程中两个配体的相对位置和朝向可能发生显著变化，拿二聚体算原子电荷没法兼容实际复 ...

感谢社长！我试下！

sobereva 发表于 Post on 2022-10-12 01:53:33

两个配体单独算
模拟过程中两个配体的相对位置和朝向可能发生显著变化，拿二聚体算原子电荷没法兼容实际复合物动力学中可能出现的这种情况

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