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CGenFF创建小分子拓扑文件报错

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LvYang

发布时间: 2022-10-11 23:40

正文摘要:

我在使用gromacs学习蛋白与配体的分子动力学模拟时，在创建小分子的拓扑文件时遇到报错指令，具体报错问题如下： (py_gmx) C:\Users\HP\Desktop\gmx_test2>python cgenff_charmm2gmx_py3_nx2.py jz4 jz4.mol2 jz4 ...

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laoman 发表于 Post on 2022-10-13 17:57:59

本帖最后由 laoman 于 2022-10-13 18:02 编辑

不要再pm我了。把mol2和str文件里所有的12570替换成UNL。

然后运行：python cgenff_charmm2gmx_py3_nx2.py UNL jz4.mol2 jz4.str charmm36.ff

fanzhihua 发表于 Post on 2022-11-3 10:22:32

我有类似的问题

202211031022315249..png (45.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

fanzhihua 发表于 Post on 2022-11-3 10:22:02

您好可以请教一下吗

LvYang 发表于 Post on 2022-10-13 23:04:59

laoman 发表于 2022-10-13 17:57
不要再pm我了。把mol2和str文件里所有的12570替换成UNL。

然后运行：python cgenff_charmm2gmx_py3_nx2. ...

好的，老师！
问题已成功解决，十分感谢您！！！

sobereva 发表于 Post on 2022-10-12 01:49:19

如果是没有明确力场偏好的人，蛋白质-配体复合物模拟我都建议用GAFF（描述小分子）结合AMBER（描述蛋白质），这种组合使用极其广泛。sobtop创建小分子的拓扑文件非常容易，看http://sobereva.com/soft/Sobtop

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