[已解决]Forcite模块计算聚合物体系中气体分子MSD，温度设置等问题

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发布时间: 2022-10-12 15:33

本帖最后由 lige826603209 于 2022-11-7 15:39 编辑大家好，我在尝试计算CO2和CH4在一种聚合物中的MSD，想请教一下退火过程温度设置的问题：参考几篇文献总结一般的流程有图中两种，想请教一下前辈们哪种流程 ...

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lige826603209 发表于 Post on 2023-11-17 12:16:49

DES 发表于 2023-11-17 10:12
你好，请问计算气体分子的扩散系数是怎算的，构建好盒子后是先NPT模拟一段时间后，NVT还是NPT退火处理，然 ...

NPT模拟一段时间，达到平衡（如通过密度确定）后，再NVT模拟用其轨迹计算MSD。
对退火的描述不同文献出入比较大，具体步骤建议参考研究相关问题的文献

DES 发表于 Post on 2023-11-17 10:12:03

你好，请问计算气体分子的扩散系数是怎算的，构建好盒子后是先NPT模拟一段时间后，NVT还是NPT退火处理，然后再NVT模拟吗？

WuYP000 发表于 Post on 2023-6-7 14:24:30

大神，你好。我现在也在做聚合物体系中液体分子的MD，网上搜了一些案例，都说在进行MD之前需要对建立的结构进行几何优化+退火+分子动力学。但是退火这一步不知道要怎么操作，你能给我说一下这个具体的操作发过程么。非常感谢！

lige826603209 发表于 Post on 2022-11-6 09:55:17

sobereva 发表于 2022-11-6 09:40
1 减小tau-p，使得控压效果更显著。也可以暂时性地加大压力，或者加大可压缩系数。

2 2.5K/ns 通常来 ...

感谢sob老师，我理解了

sobereva 发表于 Post on 2022-11-6 09:40:41

lige826603209 发表于 2022-11-5 16:10
sob老师您好，我在被M$龟速折磨的时间里学习了用GMX完成类似上面的任务，产生了一些疑问，这是我的流程:
...

1 减小tau-p，使得控压效果更显著。也可以暂时性地加大压力，或者加大可压缩系数。

2 2.5K/ns 通常来说已经很慢了

lige826603209 发表于 Post on 2022-10-13 13:05:55

sobereva 发表于 2022-10-13 11:28
没那么费事
高温下跑一段时间NPT，然后很缓慢退火（只需要一次），降到到目标温度后NPT再跑一阵到达平衡， ...

感谢sob老师解答，我尝试一下

sobereva 发表于 Post on 2022-10-13 11:28:42

没那么费事
高温下跑一段时间NPT，然后很缓慢退火（只需要一次），降到到目标温度后NPT再跑一阵到达平衡，然后做NVT的MD再算MSD就行了

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