SDF/空间分布函数

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发布时间: 2016-5-15 22:04

采用MC跑出的结构，想分析分子周围某个原子的空间分布函数。由于结构文件（*.pdb）的格式问题，于是想自己编写计算SDF的程序。1、读取每个点坐标，固定不共线三点作为参考点，将它的坐标移动至原点，x轴和xy平面上。 ...

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sobereva 发表于 Post on 2016-5-16 11:23:23

就把空间划分为大小相同的格子，统计每个格子内在整个轨迹中出现的粒子数目，然后除以格子体积和帧数，就行了。cube文件的格式参照
Gaussian型cube文件简介及读、写方法和简单应用
http://sobereva.com/125

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