chands 发表于 2022-10-15 18:05
是。
如果用Gaussian跑，在反应中心（酰胺键）附件加几个DME然后加隐式溶剂模型计算就行，你加这么多溶 ...

好的老师，我去尝试着做一下

yucci_1111 发表于 2022-10-15 17:41
感谢老师的回复，我的溶剂应是DME，那老师您的意思是我应当先构建一个一分子DME和一分子OH-混合的文件， ...

是。
如果用Gaussian跑，在反应中心（酰胺键）附件加几个DME然后加隐式溶剂模型计算就行，你加这么多溶剂分子，Gaussian跑不动的，要用第一性原理软件跑。

chands 发表于 2022-10-15 15:41
你的XYZ文件从头到尾都是散的，所以初始结构肯定有问题。

那个Gaussian的out文件里面的甲醇（溶剂？）分 ...

感谢老师的回复，我的溶剂应是DME，那老师您的意思是我应当先构建一个一分子DME和一分子OH-混合的文件，优化后将其假设为另一个反应物，然后和苯甲酰胺分子放在一起，最后用多个DME分子包裹嘛？

你的XYZ文件从头到尾都是散的，所以初始结构肯定有问题。

那个Gaussian的out文件里面的甲醇（溶剂？）分子是怎么是甲醇合氢离子（CH3OH2+）?

你应该只构建一个甲醇合OH-（你的研究是OH-和苯甲酰胺反应），这个可以用Gaussian优化一个CH3OH(OH-)结构，然后放一个苯甲酰胺分子，然后放多个甲醇分子（CH3OH）进去。放这么多甲醇合氢离子电场太强整个体系会崩掉。