| 我之前用gromacs做MD，溶剂也是二氯甲烷（DCM），力场是Amber14SB+gaff，然后每次溶剂都会裂开，体积变得巨大，溶剂分子之间间隙变得很大，后来换了oplsaa力场就没事了，以我的经验看是力场的原因，虽然我也不知道是为什么。DCM的电荷我都是用gaussian+Multifwn算的，键长键角都是几乎一样，可以说没有差别，但是Amber力场就是算不了 |
Frozen-Penguin 发表于 2022-11-30 13:57 好的老师，非常感谢老师耐心地指导！ |
| lib文件不能用相同的残基名，暂时想不到其他可能的问题，单独能模拟说明lib没问题，应该只是有些地方冲突了 |
Frozen-Penguin 发表于 2022-11-30 08:54 老师，我也去尝试了用平衡好的溶剂盒子作为sol，导入sol.pdb、sol.lib还有底物的pdb和lib文件。最终是可以形成溶剂溶质盒子的TSb2_solv.pdb文件，但是不知道为什么合成后的pdb文件因为溶剂分子的单元出错了无法生成top文件和crd文件。试了好久也不知道是哪里出现问题了，不知道该怎么改 Writing pdb file: TSb2_solv.pdb printing CRYST1 record to PDB file with box info Checking Unit. FATAL: Atom .R<MOL 3>.A<Cl2 5> does not have a type. ...... /public/software/apps/amber20/bin/teLeap: Fatal Error! Failed to generate parameters |
哇卡卡卡卡卡 发表于 2022-11-29 18:56 这个sol应该用类似TIP3PBOX的已经平衡的溶剂体系，而不是单个溶剂分子，用平衡过的溶剂体不应该出现过于致密的情况 |
Frozen-Penguin 发表于 2022-11-28 18:40 老师，是这样的。我按照您说的这个方法生成的溶剂溶质盒子，溶剂是整齐排列的在溶质周围，如图1所示，而且溶剂分子的个数也是系统自定义的进行填充，solvatebox mol sol 10.0只能改变盒子的大小，盒子大小不变时，不能改变溶剂的个数。现在我遇到的问题就是，溶剂分子填充数有点多，导致盒子过于紧密，希望减少溶剂个数。 |
哇卡卡卡卡卡 发表于 2022-11-28 08:13 先准备好单个溶质分子的lib文件和单个溶剂分子的lib文件，溶质分子的pdb和溶剂分子的pdb。然后进入tleap，加载力场参数和lib文件，然后用loadpdb分别读取溶质和溶剂的pdb，例如 mol = loadpdb mol.pdb sol = loadpdb sol.pdb 然后用solvatebox或者solvateoct加溶剂 solvatebox mol sol 10.0 然后加离子就可以保存top和crd了 如果溶质和溶剂的lib都没问题就可以这样操作，因为单独模拟溶剂可以正常进行所以溶剂的lib应该是没问题的 |
Frozen-Penguin 发表于 2022-10-16 18:36 老师您好，前面根据您说的，构建了溶质溶剂盒子，但是溶剂盒子事先没有平衡好，最终跑MD的时候也能成功平衡，但是这个是系统自定义插入多少个溶剂分子（溶剂分子个数过多）。我现在已经平衡好了溶剂盒子，得到了溶剂盒子的top文件和crd文件，在导入预先平衡好的溶剂盒子时，出现了一些错误，我是生成了预平衡好的溶剂盒子的lib文件，导入的时候但是并不能生成最终溶剂+溶质盒子的top文件，文件上传到了附件，老师，不好意思，希望您方便的时候可以帮我看一下，谢谢老师。 |
Frozen-Penguin 发表于 2022-10-24 12:12 感谢老师的指导！我查看了out文件，我发现一开始体积变化很明显，但是密度一直都没有特别大的变化，然后我看体积没什么变化了，我提取出nc轨迹的最后一帧，拿去算QM，溶质分子用QM，溶剂分子用立场uff，找到了过渡态，normal termination。 老师，这里我有一个小问题，要是比如一开始在体系没有完全平衡的情况下去算QM，会出现一种什么情况，会正常结束吗 |
哇卡卡卡卡卡 发表于 2022-10-24 11:12 把.out文件里面的体积或者密度提取出来，如果持续一段时间变化不大（并且和实际密度接近），就可以认为达到平衡了。由于使用周期性边界条件，autoimage处理溶剂分子肯定是在一个立方体盒子里面的，盒子的形状不变，只有大小会变化。 |
Frozen-Penguin 发表于 2022-10-24 10:32 谢谢老师的指导！我刚刚去计算了溶质分子的RMSD，0.04左右波动。然后通过cpptraj中autoimage去查看最后一帧的结构，我感觉溶剂分子就填充在一个立方体盒子里面，应该怎么通过体积去看溶剂是否平衡呢，和加热之后的结构进行对比，除了单个分子位置上移动，整体上都是在一个立方体的盒子里面 |
哇卡卡卡卡卡 发表于 2022-10-24 09:30 计算RMSD的时候不要考虑溶剂，算溶剂的RMSD意义不大，判断溶剂是否平衡应该看体积。溶质分子的RMSD不太可能达到900埃。另外注意你的表述中使用的时间单位有误。 |
Frozen-Penguin 发表于 2022-10-19 23:26 老师，您好！不好意思，又来问您了，对第一种情况下的盒子跑平衡时，出现的一种情况就是一直难以达到平衡状态，计算的RMSD值很大（RMSD值一直在不停的增大，现在RMSD值上升到900多），我网上查阅资料说RMSD值的大小与体系有关，表示为最终平衡的结构与最初结构相差的程度。 我目前的想到的解决办法就是： 1、时间拉长，设置到1000ns，让nc轨迹继续跑，不管RMSD的值，老师这里我想问一下，像第一种情况，平衡的时间要达到多少呢，1fs算长嘛，还是要更长 2、不知道是不是因为溶剂没有预先平衡，导致在对第一种情况下跑平衡的时候，很难达到平衡，根据老师您说的，我看out文件，体系并没有崩溃，所以除了办法1，现在也正在对二氯甲烷溶剂盒子进行平衡 NSTEP =330989000 TIME(PS) = 331288.998 TEMP(K) = 296.58 PRESS = -27.2 Etot = 2050.0020 EKtot = 2277.2624 EPtot = -227.2605 BOND = 592.4830 ANGLE = 1205.9269 DIHED = 7.7898 1-4 NB = 7.4487 1-4 EEL = -22.2567 VDWAALS = -2165.0178 EELEC = 51.6736 EHBOND = 0.0000 RESTRAINT = 94.6920 EAMBER (non-restraint) = -321.9525 EKCMT = 508.5422 VIRIAL = 555.4682 VOLUME = 80004.0216 Density = 1.0385 Ewald error estimate: 0.2390E-03 老师，关于以上出现的问题，以及自己的思考，希望老师方便的时候可以指导我一下！ |
哇卡卡卡卡卡 发表于 2022-10-19 14:39 溶剂看起来奇怪一般是周期性边界条件问题，如果是体系崩溃一般能量会超过上限，在.out文件里面显示为星号 |
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