chands 发表于 2022-10-19 19:49
我的理解，是，分子要在反应物和产物之间来回穿梭，这说明自由能面的坑填满了。如果你的MTD一直在产物那 ...

好的，谢谢

yuyangzap 发表于 2022-10-18 14:44
采样充分，这个意思是说分子要在反应物和产物之间来回穿梭么？比如我这个反应500fs已经从反应物变成产物 ...

我的理解，是，分子要在反应物和产物之间来回穿梭，这说明自由能面的坑填满了。如果你的MTD一直在产物那边，估计是你的反向自由能垒比较大，MTD正努力填坑。这里有一篇综述，最后的例子值得一看。
Laio & Gervasio 2008  Metadynamics: a method to simulate rare events and reconstruct the free energy in biophysics, chemistry and material science.

Daniel_Arndt 发表于 2022-10-19 08:09
你可能得看看1200 fs后能不能从产物变成反应物吧。具体可以看看 https://doi.org/10.1021/jp045571i 里面 ...

变不回去了，算到1500fs还是产物，我看看这个文章，谢谢

yuyangzap 发表于 2022-10-18 14:44
采样充分，这个意思是说分子要在反应物和产物之间来回穿梭么？比如我这个反应500fs已经从反应物变成产物 ...

你可能得看看1200 fs后能不能从产物变成反应物吧。具体可以看看 https://doi.org/10.1021/jp045571i 里面的Figure 3。

chands 发表于 2022-10-18 14:41
看模拟过程是否采样到所有你感兴趣的区域。通常模拟时间越长（前提是采样越充分，不能只在某个小区域来回转 ...

采样充分，这个意思是说分子要在反应物和产物之间来回穿梭么？比如我这个反应500fs已经从反应物变成产物了，500fs之后一直到1200fs一直都是在产物那一侧做的动力学，这样应该怎么判断呢？谢谢大佬。

看模拟过程是否采样到所有你感兴趣的区域。通常模拟时间越长（前提是采样越充分，不能只在某个小区域来回转），数据越可靠，并且模拟时间足够长之后自由能面对模拟时间不敏感。