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课题组需要购置计算集群,请各位老师帮忙看下配置是否合理,谢谢!

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发布时间: 2022-10-18 15:12

正文摘要:

各位老师好,课题组打算采购服务器集群,预算100万以内,主要用AMBER、NAMD,Gaussian,还有做些真菌基因组分析。请帮忙看下下面的配置是否合理,谢谢!

回复 Reply

dulit 发表于 Post on 2022-10-19 08:37:30
abin 发表于 2022-10-18 18:11
单机多核心并行,
那就是选定处理器,
配满内存通道

非常感谢您给的建议!
abin 发表于 Post on 2022-10-18 18:11:16
单机多核心并行,
那就是选定处理器,
配满内存通道
一个系统盘,其实30GB都够用。
一个高速读写盘,
所有的计算节点都这么配置。

数据存放,可以用普通阵列
或者大容量硬盘,挂载到登录管理机器。

容量根据实际需求选择。

登录管理节点,
8核心或者16核心,
配置64GB内存。
一个系统盘,
一个软件盘,
然后是数据盘。

可以通过调度器来规划读写到计算节点读写。
不过需要管理员,警告用户,不要乱改脚本,
否则卡死。

集群系统,可以提高机器利用效率,
方便计算任务管理。

什么花里胡哨的并行文件系统,
你的应用场景,都用不上的。

当然,如果我是管理员,机器让我来运维,
当然是要求有IB,并且有并行文件系统,
任何节点做读写,都要满足2GB/s以上,
要求有互联网可用的配置安全措施的IPMI。

然后管理员就很轻松了,
就真的只有添加用户,删除用户的事情了。
开机关机,也不用去现场,点鼠标就行了。
如果硬件故障,当然是喊硬件商上门了。
dulit 发表于 Post on 2022-10-18 16:37:57
应该是不会用到多节点并行,感谢您的建议
abin 发表于 Post on 2022-10-18 16:34:56
如果用不到多节点并行,
那就万兆以太网就可以了。
这个时候,存储就是放数据而已。

可以使用https://hpc4you.github.io 提到的local I/O集群方案。
dulit 发表于 Post on 2022-10-18 16:32:21
感谢您的建议,我不太懂硬件,所以需要参考各位的意见上报参数。这几个厂商给的配置感觉都有问题。其实也不一定要配置存储,因为之前用过曙光的,存储一个硬盘出现坏道,结果整个管理节点都不能用了。如果不配置存储的话,数据是怎么存放的?是不是每台计算服务器配置大容量的硬盘就可以。
biogon 发表于 Post on 2022-10-18 16:32:07
dulit 发表于 2022-10-18 16:19
嗯,我现在就是在看这些配置,还没上报给学校最终的参数要求。下面是戴尔的报价,总价120万

这个cpu配的还算是正常,比前面两个阴间配置好多了,计算节点配阵列卡干嘛,gpu节点更是不需要那么多内存
Entropy.S.I 发表于 Post on 2022-10-18 16:23:50
dulit 发表于 2022-10-18 16:19
嗯,我现在就是在看这些配置,还没上报给学校最终的参数要求。下面是戴尔的报价,总价120万

A30跑AMBER、NAMD非常的垃圾。虽然你们富得流油,但我还是想说一句,最好别把钱花在刀把儿上,到时候花了上百万可能还不如别人十万的单机跑得快。
abin 发表于 Post on 2022-10-18 16:14:08
你可以自己动手修改配置,
看看戴尔同样的配置,
需要多少钱,

你在哪个页面停留一会儿,会有人主动联系你的。

商用服务器就是这么贵呀。
本来,浪潮就是价格偏高的。
dulit 发表于 Post on 2022-10-18 16:04:59
对,第二个是浪潮给的报价,感觉价格太高了。
abin 发表于 Post on 2022-10-18 16:02:49
dulit 发表于 2022-10-18 15:53
感谢您的指点,还有个厂商给了如下配置:

依旧I/O是短板。

我又不卖这个东西。
商家也不负技术咨询费。

你们自己看着买就行了。
肯定能用,
至于用得爽不爽,就不一定了。

这家是浪潮的配置吧?

东西交付后,如果感觉不爽,
比如卡顿,商家肯定说,
你花钱换存储换网络吧。
abin 发表于 Post on 2022-10-18 15:59:32
Entropy.S.I 发表于 2022-10-18 15:52
RTX4080 12GB由于“名称不合适”取消发售。RTX4090没有取消,据小道消息称是第一批的vbios有问题,全面返 ...

我看到的信息是
Nvidia RTX 4090  Ti is reportedly cancelled due to melting itself.

Entropy.S.I 发表于 Post on 2022-10-18 15:57:54
dulit 发表于 2022-10-18 15:53
感谢您的指点,还有个厂商给了如下配置:

A40已过时,应当使用L40。价格无法评价

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