Lipy 发表于 2023-8-7 10:29 假设体系分为A、B两部分，不管你用不用ONIOM，冻结B片段都会导致B部分原子不动，而且忽略A-B之间的耦合对Hessian的贡献。在这点上和ONIOM没直接关系。 |
sobereva 发表于 2016-5-31 08:42 请问sob老师，我直接使用ONIOM来计算整体的频率，但是把low层全部冻结，是否可以得到high层自身的频率？因为我之前的一次单分子freq计算时冻结了一个分子的二面角，查看计算结果发现冻结的四个原子没有振动，后来才知道单分子freq计算时不能冻结原子，但是对于ONIOM这种情况，我突然想到既然冻结原子可以让它没有振动，那我把low层原子全部冻结，是否计算出的频率就只是high层自身的频率了呢？这样同时也考虑了晶体环境下分子间相互作用的影响，这是我个人的一点想法，不知道是否正确。 |
| 您好，请问您在用ONIOM计算完频率后，是否是使用了MOMAP进行后续计算？MOMAP可以用ONIOM的频率计算结果来进行非辐射跃迁速率的计算吗？ |
DLJS 发表于 2023-7-5 09:54 是 |
sobereva 发表于 2023-7-5 02:11 明白啦，非常感谢sob老师~ 老师我还有一点疑问：提高基组算1和2的能量都是把DFT部分的基组提高就好了吗？ |
DLJS 发表于 2023-7-4 10:11 1 ONIOM计算整体能量 2 ONIOM计算蛋白质能量 3 DFT计算配体能量 然后E(1)-E(2)-E(3)。其中1、2中ONIOM模型、划分需要一致 |
wugaiyan 发表于 2021-11-10 21:18 强烈不建议图省事用QEq作为背景电荷，对静电势重现性极差，此文说了 要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题 http://sobereva.com/597 使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题 http://sobereva.com/540（http://bbs.keinsci.com/thread-16532-1-1.html） |
sobereva 发表于 2020-9-22 22:44 sob老师您好，我用oniom模型考察蛋白配体结合能，选取了配体5A范围内的残基，高层包含配体小分子和部分有关键作用的残基，其余的为低层，不明白如何计算结合能，希望得到老师的帮助。 |
小范范1989 发表于 2016-9-14 07:51 范老师，我看你前面部分命令行用的qeq，那你这个背景电荷用的哪种电荷？可以求qeq的背景电荷吗 |
小范范1989 发表于 2016-5-31 08:57 老师，能不能留个QQ号咨询下ONIOM计算的问题，可以有偿 |
shuifangren 发表于 2020-9-21 13:44 QM/MM和ONIOM(QM:MM)的原理截然不同 ONIOM下具体怎么算最好把体系截图发出来，要不然很难解释准确 |
| 谢谢您的回复，但我还是没有明白您的意思，假设A和B接近的部分是+1,那么QM区就是A+1，MM区就是B-1,如何用ONIOM计算A和B呢？ |
shuifangren 发表于 2020-9-21 13:44 一般把A和B彼此距离比较近的地方算作QM区，其他地方算作MM区 然后分别用ONIOM计算A、B、AB，E(AB)-E(A)-E(B)就行了。也就是要做3个ONIOM计算 ONIOM的精髓在于反应过程中变化大的部分用精确的方法，变化小的部分用粗糙的办法，如果A和B一个用QM一个用MM，就失去了用ONIOM的意义了，因为QM区和MM区的相互作用只有MM的精度。 |
sobereva 发表于 2016-6-13 12:21 sob 老师，我想问一下，ONIOM模型计算怎么算结合能呢？套用之前的定义，E=E(AB)-EA-EB, 在QM/MM计算中，假设A在high层QM区,B在low层MM区，E=E(total)-EA(QM)-EB(MM),老师这样对嘛？ |
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