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在VMD中采用tcl脚本为碳环（全碳环，苯环）内部填充颜色

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liucw

发布时间: 2022-10-18 22:41

正文摘要:

本帖最后由 liucw 于 2022-10-18 23:03 编辑 ###绘制颜色设置为红色reddraw color red###在vmd中按碳环的顺序为原子编号index 365 430 231 447 121 527 分别是碳原子的indexproc dr {C1 C2 C3 C4 C5 C6} {set 1 $ ...

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biancheng159 发表于 Post on 2024-1-15 21:32:47

dr 365 430 231 447 121 527一次只能着色一个环？
若对于大体系结合ringsize/maxringsize筛选不同碳环并快速着上不同色，如何实现呢？

xiaoj 发表于 Post on 2023-10-27 14:36:37

lyj714 发表于 2023-10-25 11:20
可以自行基于vmd的tcl写脚本程序来进行识别，不过需要有一定的编程基础。

我也知道基于tcl脚本写。

xiaoj 发表于 Post on 2023-10-27 14:36:00

sobereva 发表于 2023-10-25 00:40
把五元环上的原子作为atomselect对象选中后，就可以得到它们的序号。如果一个原子同时和三个其它这些原子 ...

谢谢老师，基本思路我了解了。

lyj714 发表于 Post on 2023-10-25 11:20:51

xiaoj 发表于 2023-10-23 21:50
您好，请问对于碳环数量如何统计？比如五元碳环、六元碳环等。谢谢！

可以自行基于vmd的tcl写脚本程序来进行识别，不过需要有一定的编程基础。

sobereva 发表于 Post on 2023-10-25 00:40:48

xiaoj 发表于 2023-10-24 08:53
感谢您的回复。您的博文我看过，通过ringsize/maxringsize可以筛选不同的碳环并着色。但是有两个问题：一 ...

把五元环上的原子作为atomselect对象选中后，就可以得到它们的序号。如果一个原子同时和三个其它这些原子成键，说明是被两个或三个环共享的。再根据它所相连的其它原子与几个这类原子相连，就能判断当前原子是被两个还是三个环共享，等等。诸如此般，被n个环共享的原子就当做有n个，然后再除以5即可。

xiaoj 发表于 Post on 2023-10-24 08:53:35

sobereva 发表于 2023-10-24 04:55
如下文所说ringsize 5 from AAA选择语句选中的是处于AAA中五元环上的原子。获取相应的原子数，除以5就是 ...

感谢您的回复。您的博文我看过，通过ringsize/maxringsize可以筛选不同的碳环并着色。但是有两个问题：一是在此基础上是如何获取对应的原子数；二是如果两个碳环共用碳原子的情况，比如石墨烯结构，原子数/5应该不等于五元环数目。谢谢。

sobereva 发表于 Post on 2023-10-24 04:55:08

xiaoj 发表于 2023-10-23 21:50
您好，请问对于碳环数量如何统计？比如五元碳环、六元碳环等。谢谢！

如下文所说ringsize 5 from AAA选择语句选中的是处于AAA中五元环上的原子。获取相应的原子数，除以5就是这个区域里五元环数目

VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

xiaoj 发表于 Post on 2023-10-23 21:50:34

您好，请问对于碳环数量如何统计？比如五元碳环、六元碳环等。谢谢！

suihg 发表于 Post on 2022-10-19 07:55:25

收藏了

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