asd9998876 发表于 2022-10-30 15:57 确实是，初次接触动力学感觉想的有点简答了，就像社长说的表面没准儿会成键，还是使用NPT方放好一些 |
sobereva 发表于 2022-10-30 05:57 谢谢社长，初次接触动力学有些疑惑，社长一解答就豁然开朗了 |
ChemG 发表于 2022-10-29 16:01 实际上建立的水盒子密度要稍微大于1g/ml，因为界面吸附处的水分子密度会明显高于体相水，如果水盒子建立的模型是1g/ml，那么弛豫一段时间之后，体相水的密度就不达标了 |
ChemG 发表于 2022-10-29 16:01 1 可以。如果用控压，也不用去纠结盒子尺寸、填充多少，密度会自发调节 做NVT按照水的密度根据真空区体积去估计填充的量，其实不好严格控制，因为真空区分界面的划分位置不唯一，而且界面和水可能有显著的相互作用，甚至可能形成化学键等 2 盒子越大，耗时越高，因此如果有大量真空层，相当于浪费计算量。如果你要用NVT，但不好确定填充多少合适，那么稍微留出点真空区（或者填的水的数目别太顶着头）或许更保险，至少不会因为水填得过多导致模拟的其实是高压状态。如果用NPT就无所谓了，盒子自发会调节合适。 |
本帖最后由 ChemG 于 2022-10-29 21:48 编辑 sobereva 发表于 2022-10-19 18:02 请问社长，有几个动力学方面的小问题想请教： 1. 楼主这样的固液界面模型有哪些建立方法？我的方法是根据水的密度（1 g/mL）、盒子的体积算出填充满盒子需要的水分子数量，再通过MS建立的，这样计算水分子数目的方法合理吗？ 2. 让水分子完全填充真空层会更好吗？另外存在一个水/真空层界面总觉得有些难考虑。 |
sobereva 发表于 2022-10-19 18:02 感谢sob老师，我接下来按照您的建议试着运行一下，出结果给您回复。十分感谢  |
新建文件夹 发表于 2022-10-19 13:51 是开壳层，不是开窍层 用不用UKS和是否有电子转移没直接关系。alpha和beta不严格匹配时才需要用UKS考虑自旋极化。用UKS比闭壳层计算耗时高得多。 ADDED_MOS可以比如从20逐渐往上加，一次加比如20，加到不再提示空轨道数目不够为止。空轨道算得越多，SCF每一步越花时间。 下文产生CP2K输入文件功能里默认的ALPHA和NBROYDEN对于大多数情况就已经是最合适的，难收敛的时候再进一步调整。 使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件 http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html） |
| 参与人数Participants 1 | eV +2 | 收起 理由Reason |
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| + 2 | 谢谢 |
gog 发表于 2022-10-19 09:13 提供结构极其重要，哪怕只是部分信息。很多情况SCF难收敛都是提问者结构离谱所致，没有这个信息在很多情况下都是白讨论，提了一堆建议却没一个有针对性的 |
Eudaimonia 发表于 2022-10-19 09:17 感谢老师的答疑，下面是我对您回复的理解和我的疑问，可能问题比较小白，请您理解~ 第一个问题，我对UKS的理解是，当体系中会发生电子转移时，需要开窍层计算。本计算的体系H2O在Au界面会发生解离，所以我设置的是”UKS T“。不知我的理解是否有误？ 第二个问题，请问体系的空轨道是怎么计算的呀？我的理解是每个原子都会有空轨道，所以设置的比较大，请老师指教。 第三个问题，是要把ALPHA和NBROYDEN的值，往高了调试吗？ 第四个问题，导体体系可以使用OT算法吗？手册上不是注明OT对导体的收敛性很差，而且误差也大吗？这种误差是被允许的吗？ |
sobereva 发表于 2022-10-19 00:51 @gog 感谢两位老师的回复，我是对文章的重复，倒也不算啥机密  ，结构文件我已经重新编辑帖子传上去了。麻烦两位老师看一下 |
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1.这个体系为啥要开UKS 2.为啥要加这么多空轨道，按我之前的经验ADDED_MOS给100足够足够这个体系用了 3.&Mixing部分可以再测试一下参数，怀疑ALPHA和NBROYDEN都略低 4.大体系可以考虑用OT 最后，强烈建议使用Multiwfn生成输入文件 |
| 参与人数Participants 1 | eV +3 | 收起 理由Reason |
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| + 3 | 不明觉厉 |
sobereva 发表于 2022-10-19 00:51 一般不提供自己的结构设计。 |
| inp文件传完整，里面include的文件都没提供，别人都不知道你的体系长什么样子 |
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