小范范1989 发表于 2016-5-20 08:49
再次咨询一下sob老师，咱们衡量的时候，用的是RMSDs，这个缩写的全名是什么？通过google我查到是Root-mea ...

此处RMSD就是Root-mean-square deviation。
只不过RMSD往往用来在分子动力学研究中衡量原子整体位移程度，所以你才搜到那样的全称。
单位在输出信息中已经明确写了，就是埃

sobereva 发表于 2016-5-19 16:36
1 衡量重叠和衡量弥散本来方式就是不同的，也没必要非得一致。衡量重叠用100-11里的那个最为直接、确切，衡 ...

再次咨询一下sob老师，咱们衡量的时候，用的是RMSDs，这个缩写的全名是什么？通过google我查到是Root-mean-square deviation of atomic positions？
名称用RMSDs，数值用咱们multiwfn计算的这个RMSD of hole....单位是Angstrom？
谢谢老师

sobereva 发表于 2016-5-19 16:36
1 衡量重叠和衡量弥散本来方式就是不同的，也没必要非得一致。衡量重叠用100-11里的那个最为直接、确切，衡 ...

谢谢sob老师，我看看您手册的理论，那就这么分析了，谢谢老师

1 衡量重叠和衡量弥散本来方式就是不同的，也没必要非得一致。衡量重叠用100-11里的那个最为直接、确切，衡量离域的方式则更杂一些，没有很统一、公认的方式，只要是原理上合理的都可以用来衡量。
2 可行。前提是跃迁必须是主要是从HOMO跃迁到别的轨道，此时HOMO的密度和hole是一码事。
3 不会有什么差距。你TD用的就是S0的结构，所以4-18-1里做分析也是基于S0的轨道的。

sobereva 发表于 2016-5-18 23:19
图中那个是两个轨道间的交换积分，本身和单一轨道的离域性并没关系，而和两个轨道的相对分布范围有关系

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sob老师好，我刚刚看了看老师说的这个RMSD和H，t指数。
我之前就使用这个Multiwfn的4.18。之前使用过，计算hole和elec之间的overlap，没看过下面的H和t，
现在我的问题如下：
1：我衡量HOMO和LUMO的重叠度是使用当时老师你说的那个100-11功能里面的方式。现在如果我用这个RMSD和t来衡量弥散的话，是不是overlap的衡量也要用这个integral of overlap of hole - electron distribution来衡量呢？其实我是想衡量HOMO-LUMO的重叠度和弥散性。
2：是不是我比较A分子的HOMO和B分子的HOMO弥散性，就比较A分子的RMSD of hole数值大小和B分子的RMSD of hole数值大小，越大，说明越离域？
3：这个4-18需要的是做激发（td）的文件，而分子HOMO-LUMO重叠度，是基于优化S0的文件来做，这样会不会有差距？
4：谢谢sob老师的指点。

sobereva 发表于 2016-5-18 23:19
图中那个是两个轨道间的交换积分，本身和单一轨道的离域性并没关系，而和两个轨道的相对分布范围有关系

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谢过sob老师，我先想想，等后面再来麻烦老师。谢谢老师

图中那个是两个轨道间的交换积分，本身和单一轨道的离域性并没关系，而和两个轨道的相对分布范围有关系

离域性的衡量，其实就是轨道延展范围的衡量。衡量方式很多，你看看boys，pipek-mezey等轨道定域化方法就会受到启发，这些定域化方法都是让轨道延展范围尽可能低。如果用pipek-mezey的思路，你可以把轨道在每个原子上的布居数的平方加和，加和越小，说明离域性越强。Multiwfn里electron-hole分析也涉及到计算函数的RMSD值，可以衡量函数的弥散程度，并由此定义了H指标，这也可以用在讨论轨道密度上，并由此说明轨道离域程度。