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Gaussian中DFT计算季铵基团与硝酸根结合能opt+freq后感觉几乎没有作用力,该如何解决

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发布时间: 2022-10-19 18:16

正文摘要:

想要利用Gaussian计算季铵基团与硝酸根之间的结合能。计算选择opt+freq。方法选择DFT,B3LYP。基组选择6-311G*。同时采用隐式溶剂模型SMD,溶剂选择water。 按照季铵基团的特性,N有四个烷基链,带+电,如下图: ...

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北大-陶豫 发表于 Post on 2022-10-20 16:44:01
Cobalt1230 发表于 2022-10-20 16:36
基组6-311G*已经带了一个弥散函数了,需要考虑**两个吗?
结合能和自由能是一回事吗?看很多文献里有用 ...

6-311G* 带的是极化,不是弥散
Cobalt1230 发表于 Post on 2022-10-20 16:36:55
sobereva 发表于 2022-10-19 22:24
看此文了解怎么算溶剂环境下的自由能
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva. ...

基组6-311G*已经带了一个弥散函数了,需要考虑**两个吗?
结合能和自由能是一回事吗?看很多文献里有用了binding energy来表示。
(哇,没想到sob老师可以看到新手求助帖)
Cobalt1230 发表于 Post on 2022-10-20 16:34:08
wzkchem5 发表于 2022-10-19 20:52
参见http://gaussian.com/thermo/

谢谢分享,我来学习一下!
Cobalt1230 发表于 Post on 2022-10-20 16:33:39
chands 发表于 2022-10-19 20:43
理论上是,要用显式-隐式溶剂模型计算。只是你的体系不好算,要做一些构象平均,不像过渡金属配合物那种 ...

结合是正负电荷的那种吸引趋势,探究季铵盐的烷基链长不同对硝酸根的吸引程度。
sobereva 发表于 Post on 2022-10-19 22:24:17
看此文了解怎么算溶剂环境下的自由能
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html
绝对不要直接读Sum of electronic and thermal Free Energies,当前用的电子能量计算级别太垃圾。而且算阴离子体系电子能量时要带弥散函数,这是基本常识。

不要用E表示,这一般用来代表电子能量,某些语境下代表内能。自由能一定要写成G,而且必须把计算时用的温度交代清楚。-TS项受温度影响极大。

B3LYP此时应当带D3,看
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sobereva.com/413http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html

wzkchem5 发表于 Post on 2022-10-19 20:52:55
Cobalt1230 发表于 2022-10-19 13:18
那请问哪个值代表能量呢?以及,最后的可视化结果也是隔开很远,仿佛没有作用力。

参见http://gaussian.com/thermo/
chands 发表于 Post on 2022-10-19 20:43:34
Cobalt1230 发表于 2022-10-19 20:21
可是我这个反应是在水溶液中进行的,该如何考虑比较合适?改用显式的吗?

理论上是,要用显式-隐式溶剂模型计算。只是你的体系不好算,要做一些构象平均,不像过渡金属配合物那种有相对固定的配体或溶剂化壳层的结构。我也不清楚你要季铵盐和硝酸根什么形式的结合?
Cobalt1230 发表于 Post on 2022-10-19 20:21:13
chands 发表于 2022-10-19 19:52
我补充一句。你用隐式溶剂模型算不准季铵盐和硝酸跟的溶解自由能。硝酸根的溶解自由能可不小,足以拆掉盐的 ...

可是我这个反应是在水溶液中进行的,该如何考虑比较合适?改用显式的吗?
Cobalt1230 发表于 Post on 2022-10-19 20:18:22
wzkchem5 发表于 2022-10-19 18:46
因为你取的这个值是自由能而非能量,既然是自由能就有熵的贡献,阴阳离子结合虽然能量有利,但是熵不利。

那请问哪个值代表能量呢?以及,最后的可视化结果也是隔开很远,仿佛没有作用力。
chands 发表于 Post on 2022-10-19 19:52:12
我补充一句。你用隐式溶剂模型算不准季铵盐和硝酸跟的溶解自由能。硝酸根的溶解自由能可不小,足以拆掉盐的晶体结构。
wzkchem5 发表于 Post on 2022-10-19 18:46:51
因为你取的这个值是自由能而非能量,既然是自由能就有熵的贡献,阴阳离子结合虽然能量有利,但是熵不利。

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