（已解决）酶底物复合物在不同温度下模拟情况结果出错的疑问

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发布时间: 2022-10-20 20:52

本帖最后由 uenh1998 于 2022-10-25 09:25 编辑最近在做的酶与底物复合物的分子动力学模拟，均在限制性动力学阶段报错water can not be settled，LINCS warning的错误，首先检查top文 ...

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uenh1998 发表于 Post on 2022-10-21 23:44:49

sobereva 发表于 2022-10-21 21:56
之前就说了，去了1-4 静电项再试

谢谢社长，那我把所有与磷酸基的H相关的静电项全去了再看下

sobereva 发表于 Post on 2022-10-21 21:56:26

uenh1998 发表于 2022-10-21 19:40
这一块结构是一样的，都是磷酸基，已更正刚刚10L回复了说磷酸基结构是合理的，那就奇怪了,还有没有其他冷 ...

之前就说了，去了1-4 静电项再试

uenh1998 发表于 Post on 2022-10-21 20:48:18

wzkchem5 发表于 2022-10-21 19:10
大体上还可以。
正四面体的键角是109度28分，就5个数字而已，而且在整个化学领域里都极其重要，即使死记 ...

感谢老师回复，这个角度我记下了

wzkchem5 发表于 Post on 2022-10-21 19:10:12

uenh1998 发表于 2022-10-21 11:39
感谢社长回复！我刚看了一下，P在中间时的angle数据是这样的。我对四面体结构的角度还没记住，还请社长 ...

大体上还可以。
正四面体的键角是109度28分，就5个数字而已，而且在整个化学领域里都极其重要，即使死记硬背也要背下来。哪怕28分背不住，109度也必须背下来。

sobereva 发表于 Post on 2022-10-21 19:08:36

uenh1998 发表于 2022-10-21 18:39
感谢社长回复！我刚看了一下，P在中间时的angle数据是这样的。我对四面体结构的角度还没记住，还请社长 ...

角度量一下便知

你前面VMD截图里P的index是5，对应itp文件里应该是6，怎么这里是4？

sobereva 发表于 Post on 2022-10-21 18:20:44

uenh1998 发表于 2022-10-21 11:01
社长，这四张分别是VMD里对应原子如图，此磷酸基itp文件的bond、angle、二面角项，想请社长初步看下有没 ...

[angles]里着重看P在中间的项
O-P-O是能维持PO4四面体的关键

uenh1998 发表于 Post on 2022-10-21 10:58:21

syjohn 发表于 2022-10-21 08:21
这个大概率是小分子构象结构不合理导致的，是否可以尝试使用高斯或者amber先进行小分子的优化，然后再进行 ...

嗯我也试试，感谢建议

syjohn 发表于 Post on 2022-10-21 08:21:09

这个大概率是小分子构象结构不合理导致的，是否可以尝试使用高斯或者amber先进行小分子的优化，然后再进行复合物的模拟

uenh1998 发表于 Post on 2022-10-21 00:16:28

sobereva 发表于 2022-10-20 23:59
着重检查磷酸基里面的angle项和二面角项，这是能维持PO4四面体的关键。另外，可以先把磷酸基的H有关的1-4作 ...

谢谢社长，我试下。我以为Sobtop套的这些作用项参数应该是合理的

sobereva 发表于 Post on 2022-10-20 23:59:51

着重检查磷酸基里面的angle项和二面角项，这是能维持PO4四面体的关键。另外，可以先把磷酸基的H有关的1-4作用项去了试试

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