Gromacs做PCA主成分分析时covar命令下eigenvalues.xvg文件理解问题求助

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发布时间: 2022-10-21 10:19

在拜读社长关于PCA的博文(http://sobereva.com/73)后,我进行了主成分分析，用covar命令来生成轨迹的协方差矩阵，选用的是C-alpha，生成了eigenvalues.xvg，想请教一下这个文件中Y轴的数字含义，是代表了本征值百分比 ...

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2535882172 发表于 Post on 2024-3-21 15:28:57

请问你知道怎么寻找低能量势阱对应的结构吗，我看另一种通过RMSD和Rg的方法可以找低能量点对应的结构，这个方法不知道怎么做

sobereva 发表于 Post on 2022-10-21 19:28:33

显然是本征值
某个PC对应的百分比你得用相应本征值除以所有本征值的总和再乘100%

WWWYYYQQQ 发表于 Post on 2022-10-21 10:27:16

WWWYYYQQQ 发表于 2022-10-21 10:26
是nm^2, 是实际值吧

百分比得自己算，你翻一翻帖子，老师们都有回复

WWWYYYQQQ 发表于 Post on 2022-10-21 10:26:24

是nm^2, 是实际值吧

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