Entropy.S.I 发表于 2022-10-22 15:58
gmx trjconv结合-pbc mol -cluster -center将蛋白和小分子团簇化并置于盒子中心即可。

gmx trjconv -s md.tpr -f md.trr -o md-center.xtc -n index.ndx -pbc cluster -center
感谢大佬！这样正确了。
还想问一下 想分析蛋白质+配体 但也想看到水盒子区域 接下来选择的区域应该是复合物group 复合物group吗？还是复合物group和0 system？

Entropy.S.I 发表于 2022-10-22 15:58
gmx trjconv结合-pbc mol -cluster -center将蛋白和小分子团簇化并置于盒子中心即可。

gmx trjconv -f md.trr -o md-center.xtc -n index.ndx -pbc mol -cluster COMPLEX -center
这样报错了
Error in user input:
Invalid command-line options
    Unknown command-line option -cluster
请问还需要设置索引文件吗？COMPLEX就是蛋白和小分子的group了 cluster不适用gromacs2021.1？

gmx trjconv结合-pbc mol -cluster -center将蛋白和小分子团簇化并置于盒子中心即可。