sobereva 发表于 2022-10-26 14:08
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8
我也没什么好补充的

谢谢卢老师：))

qmlearner 发表于 2022-10-25 10:42
卢老师您好，我让sobtop直接猜团簇的参数（1 //产生GROMACS拓扑文件，2 //指认GAFF原子类型，没法指认的 ...

http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8
我也没什么好补充的

sobereva 发表于 2022-10-25 01:49
GFN1-xTB的Hessian实在太糙了
如果DFT实在算不动，若只是希望能维持住中间部分的刚性结构，不如直接让sobt ...

卢老师您好，我让sobtop直接猜团簇的参数（1 //产生GROMACS拓扑文件，2 //指认GAFF原子类型，没法指认的自动用UFF原子类型，4 //用预置的力场参数，缺失的自动猜），如果不考虑体系电荷的话，真空下测试之后，中间部分结构维持的比 GFN1的Hessian好多了。

因为我需要研究这个团簇跟其他分子之间的相互作用，所以在生成拓扑的时候就读取了RESP电荷，得到拓扑（链接: https://pan.baidu.com/s/1jgHykukXjR_WTBXxmfSh2A?pwd=1bn4 提取码: 1bn4），但真空下测试的时候提示Segmentation fault（用的是GMX2018.1），请问卢老师有什么建议吗？非常感谢！

GFN1-xTB的Hessian实在太糙了
如果DFT实在算不动，若只是希望能维持住中间部分的刚性结构，不如直接让sobtop对中间部分直接猜bonded参数。如果届时之后MD跑完了还变形，可以再加大力常数