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求助几何优化收敛但是碳氮键过长,结构很不合理(已解决)

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发布时间: 2022-10-24 19:49

正文摘要:

本帖最后由 雾雨魔理沙daze 于 2022-10-25 12:40 编辑 用Gaussian进行opt freq任务,结构如图一,问题出在绿圈圈住的碳氮键。优化出的结构中碳氮键过长,十分不合理,但是观察能量变化却确实收敛了。新手第一次碰 ...

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雾雨魔理沙daze 发表于 Post on 2022-10-25 00:02:28
sobereva 发表于 2022-10-24 22:58
帖子标题不得乱用叹号,置顶的新社员必读贴以及http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html都明确说了。 ...

好的,一定注意
sobereva 发表于 Post on 2022-10-24 22:58:21
帖子标题不得乱用叹号,置顶的新社员必读贴以及http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html都明确说了。这次给你改了,下次乱用叹号直接删帖扣分处理
雾雨魔理沙daze 发表于 Post on 2022-10-24 21:56:11
RAL 发表于 2022-10-24 21:44
这初猜有点差劲,跑散了正常,要在初始结构中这个键还很短的时候就冻结,优化好了再放开限制重新优化。限 ...

哦哦,好的,谢谢!
雾雨魔理沙daze 发表于 Post on 2022-10-24 21:49:54
wzkchem5 发表于 2022-10-24 21:41
按短的来限制。
之所以要这么做是因为,不确定这根C-N键是本来就要断,还是只是因为初猜结构摆得太挤了 ...

好的,谢谢老师
RAL 发表于 Post on 2022-10-24 21:44:23
雾雨魔理沙daze 发表于 2022-10-24 21:18
请问做限制性优化是直接冻结这个很长的键长吗?还是缩短键长再冻结呢?

这初猜有点差劲,跑散了正常,要在初始结构中这个键还很短的时候就冻结,优化好了再放开限制重新优化。限制性优化可以用便宜的方法来做,比如GFN2-xtb就挺好
wzkchem5 发表于 Post on 2022-10-24 21:41:03
雾雨魔理沙daze 发表于 2022-10-24 13:23
是按这个很长的长度来限制吗

按短的来限制。
之所以要这么做是因为,不确定这根C-N键是本来就要断,还是只是因为初猜结构摆得太挤了才断的。限制性优化是为了排除后一种情况
雾雨魔理沙daze 发表于 Post on 2022-10-24 21:18:28
本帖最后由 雾雨魔理沙daze 于 2022-10-24 21:49 编辑
chands 发表于 2022-10-24 20:23
看错了。现在看明白你的体系。
可能位阻有影响,把位置调一下,键长调一下,如楼上说的,做限制性优化试 ...

(后补:已明白,谢谢!)请问做限制性优化是直接冻结这个很长的键长吗?还是缩短键长再冻结呢?
雾雨魔理沙daze 发表于 Post on 2022-10-24 20:25:50
chands 发表于 2022-10-24 20:23
看错了。现在看明白你的体系。
可能位阻有影响,把位置调一下,键长调一下,如楼上说的,做限制性优化试 ...

好的,谢谢老师!
雾雨魔理沙daze 发表于 Post on 2022-10-24 20:23:52
wzkchem5 发表于 2022-10-24 20:18
先限制这个C-N键长,做限制性优化,再放开限制,优化到收敛,看看结果如何。
如果C-N键还是解离了的话,说 ...

是按这个很长的长度来限制吗
chands 发表于 Post on 2022-10-24 20:23:33
雾雨魔理沙daze 发表于 2022-10-24 20:16
哦哦,老师,那个地方应该是碳磷双键。这个问题影响大吗?我记得gviews的成键显示单键或是双键三键等好像 ...

看错了。现在看明白你的体系。
可能位阻有影响,把位置调一下,键长调一下,如楼上说的,做限制性优化试试。

我不知道溶剂分子是否能稳定分子。如果是,(可能)要在电荷集中区域附近显式摆几个溶剂分子出来。
雾雨魔理沙daze 发表于 Post on 2022-10-24 20:20:25
wzkchem5 发表于 2022-10-24 20:18
先限制这个C-N键长,做限制性优化,再放开限制,优化到收敛,看看结果如何。
如果C-N键还是解离了的话,说 ...

好的,我试试,谢谢老师
wzkchem5 发表于 Post on 2022-10-24 20:18:59
先限制这个C-N键长,做限制性优化,再放开限制,优化到收敛,看看结果如何。
如果C-N键还是解离了的话,说明你画的这个分子很可能本身就不稳定,C-N键会自发解离。
雾雨魔理沙daze 发表于 Post on 2022-10-24 20:16:15
本帖最后由 雾雨魔理沙daze 于 2022-10-24 20:19 编辑
chands 发表于 2022-10-24 20:02
你的体系不是碳正离子碳自由基吧?
如果不是,跟磷原子相连的一个C缺了个H。

哦哦,老师,那个地方应该是碳磷双键。这个问题影响大吗?我记得gviews的成键显示单键或是双键三键等好像是不影响计算结果的
chands 发表于 Post on 2022-10-24 20:02:33
本帖最后由 chands 于 2022-10-24 20:10 编辑

你的体系不是碳正离子碳自由基吧?
如果不是,跟磷原子相连的一个C缺了个H。

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