支持GPU加速的GROMACS的原生Windows版的编译和安装时出现错误

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发布时间: 2022-10-25 18:59

本帖最后由 Wenchuan 于 2023-9-11 16:07 编辑我想自己编译基于fftw且支持CUDA加速的版本，按照sobereva老师在GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法（支持GPU加速） - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计 ...

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Wenchuan 发表于 Post on 2022-10-28 15:42:29

本帖最后由 Wenchuan 于 2023-1-11 20:09 编辑

sobereva 发表于 2022-10-28 06:29
这些警告不用管

另外，文献里的patch代码未必支持GPU并行时使用，需要注意，建议先和CPU计算的情况做 ...

对，patch代码确实不支持GPU并行，就像上面说的，虽然mdrun时显示了GPU，但实际没有利用，可能因为patch后需要输入环境变量，自己改成不用输入环境变量的就可以加速了。

sobereva 发表于 Post on 2022-10-28 06:29:49

Wenchuan 发表于 2022-10-27 20:14
我想自己编译的原因是在文献https://journals.aps.org/prfluid ... RevFluids.7.L102001中有个patch文件 ...

这些警告不用管

另外，文献里的patch代码未必支持GPU并行时使用，需要注意，建议先和CPU计算的情况做个对比

sobereva 发表于 Post on 2022-10-27 05:09:48

Wenchuan 发表于 2022-10-26 21:53
感谢老师解答，编译gmx 2020可以完成，但是出现许多not found，Failed和黄色warning，如下图所示，而且虽 ...

直接用我编译好的就完了，完全没必要自己折腾，又不会有什么好处

sobereva 发表于 Post on 2022-10-26 15:54:50

可能是CUDA toolkit版本与当前GROMACS版本的兼容问题。可以尝试编译gmx 2020

牧生 发表于 Post on 2022-10-25 19:33:35

先把图贴出来

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