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求助关于水分子刚性柔性的问题

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小柏桐

发布时间: 2022-10-27 20:19

正文摘要:

top文件中使用的水分子参数是调用opls力场中的，但是水分子力场文件我并不是太明白那个限制部分，如下图所示，settels和 exclusions部分，是单纯的限制吗？和下边键角键长是一个完整的文件吗？还是上边一部分代表刚 ...

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小柏桐 发表于 Post on 2022-10-28 10:02:48

好的，谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2022-10-28 06:47:35

settles字段设的是对水的约束，不叫限制，仔细看下文分清楚语义
解析gromacs的restraint、constraint和freeze
http://sobereva.com/10

直到下一个[moleculetype]出现之前，各种moleculetype里该出现的项都是对上面的moleculetype而言的。

仔细看我分子动力学与GROMACS培训班里的ppt里的解释

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