关于采用Confab与molclus联用进行构象搜索问题

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GHL

发布时间: 2022-10-30 18:09

本帖最后由 GHL 于 2022-10-30 18:32 编辑最近采用Confab与molclus联用进行构象搜索，确实产生了很多构象，但是对应的结构计算的相应结果还是与文献报道的不一致。在关于产生构象的软件处理分子的方式，其中一个 ...

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sobereva 发表于 Post on 2022-11-1 04:43:47

GHL 发表于 2022-10-31 11:25
想问一下，gentor生成构象的速度与电脑核数与内存有关系吗？可能设置的表较多（360度每10度旋转）一共6个 ...

gentor的耗时可以忽略不计

GHL 发表于 Post on 2022-10-31 11:25:47

sobereva 发表于 2022-10-31 08:30
应该头脑里对二面角旋转一周有多少极小点心里有数。应当让每个极小点附近都被采样一次。诸如你的体系里两 ...

想问一下，gentor生成构象的速度与电脑核数与内存有关系吗？可能设置的表较多（360度每10度旋转）一共6个旋转键。
谢谢大佬了

GHL 发表于 Post on 2022-10-31 11:14:19

sobereva 发表于 2022-10-31 08:30
应该头脑里对二面角旋转一周有多少极小点心里有数。应当让每个极小点附近都被采样一次。诸如你的体系里两 ...

谢谢sobereva大佬

sobereva 发表于 Post on 2022-10-31 08:30:29

GHL 发表于 2022-10-31 07:15
好的，谢谢sobereva大佬，我明白了gentor 应该产生的构象比confab效果好一些。

另外，对于化学键扭转 ...

应该头脑里对二面角旋转一周有多少极小点心里有数。应当让每个极小点附近都被采样一次。诸如你的体系里两个六元环之间那个C(sp2)-C(sp2)的键对应的二面角，肯定是0和180度要采样。

sobereva 发表于 Post on 2022-10-31 05:28:36

你这个体系可旋转的键区区几个，用gentor比用confab产生初始结构好得多，可控性明显更强，也能保证采样全面。看
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html

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