文献提供的MD轨迹录像中C-H基团的H原子为什么会有向C原子伸缩，有些甚至缩到C原子里面

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发布时间: 2022-10-30 18:13

本帖最后由大头攒毛于 2022-10-30 20:00 编辑大家好，有一篇文献，研究P450酶和底物NPG之间的相互作用，下图是截取了文献中提供的MD录像的一帧(下方是氧化状态的血红素HEM，中部为残基PHE，上方是NPG底物)，模 ...

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大头攒毛 发表于 Post on 2022-10-31 10:57:08

原来是这样，非常感谢

喵星大佬 发表于 Post on 2022-10-31 04:37:59

看看你的mdp文件，应该设置了你设置了约束H的键，他显然没有做约束

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