楼主你好，请问这个解决了吗？我出现了差不多的问题，蛋白在最后整个跳出到盒子外面了

confidence 发表于 2022-11-2 10:35
1、嗯嗯sob老师，我显示盒子镜像后的确发现该蛋白与镜像挨得很近。但是我初始构型是这样的，蛋白跑出盒子 ...

1 应当用正方盒子，免得一旋转就导致和镜像相互作用上

2 无所谓

3 如果目的仅仅是在水弛豫之前避免蛋白质构象的过度改变，一二百ps就够了，足矣让水弛豫

4 如果紧挨着，理应不那么接近于0
静电相互作用的分解应当在cutoff下计算，PME的倒易空间部分没法做分解

confidence 发表于 2022-11-1 10:05
嗯嗯好的sob老师

1、老师该俯视图如图所示。

盒子太小，你把盒子镜像显示出来，肯定会看到蛋白自己都和自己的镜像发生作用了，无法接受

蛋白质模拟通常没有产生相一说，又不是模拟平衡状态的属性问题。只有限制性动力学和正式动力学之分

1 贴个俯视图

2 Berendsen用于产生相容易挨批（虽说实际中一般没什么问题），Parrinello-Rahman不适合非平衡状态，不应用于平衡相。

区区100ps哪来得及达到平衡。
仔细看
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）