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请问肽和小分子模拟过程中配体的C=O和-OH这两个键总是纠缠到一起怎么办？

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Yothy

发布时间: 2022-11-1 09:40

正文摘要:

本帖最后由 Yothy 于 2022-11-1 14:39 编辑初学者菜鸟，向各位老师请教。1.我尝试跑一个有机小分子和一条肽链的时候，小分子上有一个碳氧双键（-C=O）和羟基(-OH)在空间上邻近，在跑最后一步md的时候，这两个键 ...

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Yothy 发表于 Post on 2022-11-1 19:22:55

sobereva 发表于 2022-11-1 15:59
1 如果你是模拟中性水环境中的蛋白质，注意羧基应当去质子化。
如果你就是要模拟COOH，而且模拟过程中你发 ...

好的好的，十分感谢老师的回复

sobereva 发表于 Post on 2022-11-1 15:59:00

1 如果你是模拟中性水环境中的蛋白质，注意羧基应当去质子化。
如果你就是要模拟COOH，而且模拟过程中你发现O...O距离明显不在合理范畴，说明当前此基团牵扯的参数或者拓扑信息有问题。注意看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里的相关文字。

2 谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因
http://sobereva.com/632（http://bbs.keinsci.com/thread-27434-1-1.html）

Yothy 发表于 Post on 2022-11-1 14:38:31

喵星大佬发表于 2022-11-1 13:40
检查小分子的拓扑文件

请问怎么检查呀，我仔细看了好像没什么问题这两个键中的氧原子也没有连在一起。（附上了itp文件和主top文件。）

喵星大佬 发表于 Post on 2022-11-1 13:40:58

检查小分子的拓扑文件

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