为什么使用gmx trjconv -pbc mol(or nojump or fit)结构不一致

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发布时间: 2022-11-2 13:56

本帖最后由 boqiang 于 2022-11-2 13:56 编辑描述： 1. 在完成200ns MD后，使用gmx trjconv -s md.tpr -f md.trr -o md.xtc -pbc mol，得到的最后一帧如下：（两个分子都在盒子内）但是RMSD存在周期性； ...

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boqiang 发表于 Post on 2022-11-3 13:29:46

sobereva 发表于 2022-11-3 10:37
如果你想让俩蛋白一直挨着，trjconv结合-pbc cluster处理轨迹，同时提供一个索引文件，里面记录包含蛋白质 ...

sob老师你好，测试了-pbc cluster，得到的最后一帧结构与-pbc mol一致，但是有某些几帧还存在周期性问题。我测试了其他结构，所有条件结构都是一致的，所以有个疑问，为什么这个结构用-pbc nojump会跟其他条件得到的结果不一致？

sobereva 发表于 Post on 2022-11-3 10:37:09

如果你想让俩蛋白一直挨着，trjconv结合-pbc cluster处理轨迹，同时提供一个索引文件，里面记录包含蛋白质二聚体的组，让你选择组的时候选这个组

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