AaronBlacknine 发表于 2025-4-1 14:19
请问您解决了吗，最后如何解决的，我也出现了同样的问题

我解决了，我是因为topol.top文件中力场和itp等文件都是访问路径，但是可能是我安装的问题，没法访问，所以说找不到，然后我就把使用力场中相对应的键、非键、水、离子这些文件都粘贴到工作文件夹下，然后再把topol.top文件中这些文件的访问路径前缀删掉，只剩文件名，就解决了，不知道可不可以解决你的问题

有人遇到过这个问题么gmx trjconv failed when querying md.xtc
Check the gmx_MMPBSA.log file to report the problem.
Exiting. All files have been retained.

关于时间DE 发表于 2024-9-20 20:08
估计是拓扑的top或者itp出问题了，用winscp远程传文件到服务器的

您好，请问这个问题您解决了吗，我也是windows穿到linux系统上的文件，一直报错这个

艾小野 发表于 2024-5-23 17:28
楼主您好，我目前也是在用gmx_MMPBSA来分析蛋白质和配体之间的结合能分析，MD模拟中蛋白质是用的Amber14sb_ ...

请问您解决了吗，最后如何解决的，我也出现了同样的问题

你好 请问这个问题你解决了吗？我也出现了同样的问题

请问为啥我的蛋白配体算出来能量这么高啊，尤其是bond。后面贴上我的复合物模型，请问是否有问题，而且模拟过程中小分子没有飞出结合位点，我分析的轨迹是最后10ns，请问有佬帮我分析分析问题嘛，感觉结果非常离谱，尤其是小分子的能量

Loading0760 发表于 2024-9-20 10:03
没遇见过，但是这个报错就是python的，你的输入文件都是在命令行里可以看到的，涉及输入的文件就手动改一 ...

估计是拓扑的top或者itp出问题了，用winscp远程传文件到服务器的

关于时间DE 发表于 2024-9-19 22:50
您好，是因为ndx选错的问题，现在又有新的问题。在“Building Normal Complex Amber topology”过程中， ...

没遇见过，但是这个报错就是python的，你的输入文件都是在命令行里可以看到的，涉及输入的文件就手动改一下编码类型吧。

Loading0760 发表于 2024-9-14 11:53
gmx_MMPBSA它计算的时候，会调用index.ndx文件，例如计算结合能的时候，你选择蛋白质和配体的index，它会 ...

您好，是因为ndx选错的问题，现在又有新的问题。在“Building Normal Complex Amber topology”过程中，会进行报错“UnicodeDecodeError: 'utf-8' codec can't decode byte 0xb9 in position 48: invalid start byte”，请问您知道这个过程是调用什么文件需要改成utf-8编码吗

关于时间DE 发表于 2024-9-14 11:39
您好，我在运行时遇到“gmx_MMPBSA does not support water/ions molecules in any structure, but we foun ...

gmx_MMPBSA它计算的时候，会调用index.ndx文件，例如计算结合能的时候，你选择蛋白质和配体的index，它会自己生成ligand，receptor和complex的结构，报错提示有水或者离子，你先确定一下，这个是离子是你的配体吗？如果不是，就说明你的index选错了。使用gmx make_ndx检查一下，不需要专门删除的。

您好，我在运行时遇到“gmx_MMPBSA does not support water/ions molecules in any structure, but we found 32 molecules in the complex.”这个报错，请问是需要把32个离子删除才能进行分析吗。

ValueError: invalid literal for int() with base 10: '\\#ifdef'
Error occurred on rank 0.
Exiting. All files have been retained.
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0
请问这个怎么处理啊

楼主您好，我目前也是在用gmx_MMPBSA来分析蛋白质和配体之间的结合能分析，MD模拟中蛋白质是用的Amber14sb_parmbsc力场做的，小分子用的Sobtop的GAFF力场生成文件，在mpirun的时候报错显示"Could not find amber14sb_parmbsc.ff/forcefield.itp",是不是就是您提到的不仅需要添加topol，还需要加入itp文件，想请教您是如何添加的呢？



已找到问题原因，因为我没有把这个itp文件虽然粘贴到目录下，但是名称和topol文件中不一致

您好，我在安装过程中也参考了知乎和官网的教程，但是我删除了git这一行之后是failed 不知道是什么原因