Sobtop构建的柔性小分子二面角力场矫正疑惑

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发布时间: 2022-11-3 22:32

我在用sobtop构建柔性小分子力场中，对所有键长键角用mSeminario方法构建，柔性二面角用自带预测。之后我对特殊的可旋转柔性二面角进行力场参数矫正。发现角度为0附近矫正差距较大。具体步骤是：（1）QM柔性扫 ...

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wenzihao 发表于 Post on 2022-11-7 09:42:46

enthalpy 发表于 2022-11-6 22:53
是不是原子4和8之间的静电排斥以及vdW相互作用导致的，特别是QM在隐式水模型中而MM在gas中。

老师您好，我看了一下，我QM计算的势能面时也是在气象下。您说的原子4和8的非键相互作用，我也有尝试修改输入文件用其他方法计算过，但MM计算的总会在0°附近出现峰。

enthalpy 发表于 Post on 2022-11-6 22:53:18

wenzihao 发表于 2022-11-6 16:31
老师您好，我按照老师您说的操作，最后把除了研究的二面角之外的参数都设成0了仍有中间峰。
压缩文件夹 ...

是不是原子4和8之间的静电排斥以及vdW相互作用导致的，特别是QM在隐式水模型中而MM在gas中。

sobereva 发表于 Post on 2022-11-4 08:01:56

文件我没时间具体看，反复对比测试，每次把一部分参数设成0，总能搞清楚什么因素导致中间凸起

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