求助：PME方法和cuttoff方法算得的静电相互作用相差很大

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发布时间: 2022-11-4 15:18

本帖最后由云隐i 于 2022-11-5 16:15 编辑如题，分别用两种方法计算了两个基团（——COO-和——NH3+）之间的静电相互作用，PME方法rcoulomb=1.2nm cut-off方法rcoulomb=4.0nm，算得的静电相互作用如图所示，请 ...

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云隐i 发表于 Post on 2022-11-8 10:24:51

sobereva 发表于 2022-11-8 10:19
2019开始不再支持隐式溶剂模型
rerun时候加上，没必要重新跑轨迹
能量组分解是否兼容隐式溶剂模型我没 ...

非常感谢老师的回复，我试试

sobereva 发表于 Post on 2022-11-8 10:19:23

云隐i 发表于 2022-11-7 11:14
感谢老师回复，那我需要在mdp文件中加入隐式溶剂模型的相关参数然后重新跑md，重新计算Coul-SR嘛

2019开始不再支持隐式溶剂模型
rerun时候加上，没必要重新跑轨迹
能量组分解是否兼容隐式溶剂模型我没实测过

云隐i 发表于 Post on 2022-11-7 11:14:55

sobereva 发表于 2022-11-7 11:05
原理上可带着隐式溶剂模型

感谢老师回复，那我需要在mdp文件中加入隐式溶剂模型的相关参数然后重新跑md，重新计算Coul-SR嘛

sobereva 发表于 Post on 2022-11-7 11:05:01

云隐i 发表于 2022-11-7 10:34
感谢老师回复，那如何在实际溶液环境中进行分解呢

原理上可带着隐式溶剂模型

云隐i 发表于 Post on 2022-11-7 10:34:18

sobereva 发表于 2022-11-7 10:13
显著离子性的正、负电荷基团之间达到这样的数量级没什么新鲜的。在实际溶液环境中，溶剂效应会显著削弱静 ...

感谢老师回复，那如何在实际溶液环境中进行分解呢

sobereva 发表于 Post on 2022-11-7 10:13:33

云隐i 发表于 2022-11-6 19:53
感谢老师回复，那老师您的意思是cut-off的结果是正确的嘛，但是这两个原子团之间的静电相互作用都达到了- ...

显著离子性的正、负电荷基团之间达到这样的数量级没什么新鲜的。在实际溶液环境中，溶剂效应会显著削弱静电作用强度，你当前的分解只是真空下进行的。

云隐i 发表于 Post on 2022-11-6 19:53:46

本帖最后由云隐i 于 2022-11-6 21:12 编辑

sobereva 发表于 2022-11-6 11:07
PME时没法计算特定组之间的静电作用，只有PME里面实空间部分能进行分解，而这仅仅是静电作用能的一部分

感谢老师回复，那老师您的意思是cut-off的结果是正确的嘛，但是这两个原子团之间的静电相互作用都达到了-140kJ/mol,这是合理的嘛，是不是有点太大了啊

sobereva 发表于 Post on 2022-11-6 11:07:34

PME时没法计算特定组之间的静电作用，只有PME里面实空间部分能进行分解，而这仅仅是静电作用能的一部分

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