在进行季铵盐分子优化以及TDDFT计算时，如果是做单晶优化，最好的方法是阳离子加阴离子的电中性体系+QM/MM描述周边环境+阴离子部分加弥散函数，我想问一下这个操作只是在输入的gjf文件中输入一些命令吗，还是要怎么操作

cokie 发表于 2022-11-6 19:11
电荷是多少就设定多少

好的，谢谢！

九月九 发表于 2022-11-6 17:55
请问如果计算季铵盐，只算阳离子，电荷是设为+1吗？

电荷是多少就设定多少

cokie 发表于 2022-11-5 15:48
非常感谢老师的解答！对这个问题我大概有了一个思路想请老师看一下是否正确

1. 在进行季铵盐分子优化 ...

请问如果计算季铵盐，只算阳离子，电荷是设为+1吗？

wzkchem5 发表于 2022-11-5 16:02
对

再次感谢老师！

cokie 发表于 2022-11-5 08:48
非常感谢老师的解答！对这个问题我大概有了一个思路想请老师看一下是否正确

1. 在进行季铵盐分子优化 ...

对

wzkchem5 发表于 2022-11-5 15:24
1. 这个体系已知HOMO确实不应该在Br-上吗？也就是如果发生单电子氧化，确定是阳离子比Br-先被氧化吗？别 ...

非常感谢老师的解答！对这个问题我大概有了一个思路想请老师看一下是否正确

1. 在进行季铵盐分子优化以及TDDFT计算时，如果是做单晶优化，最好的方法是阳离子加阴离子的电中性体系+QM/MM描述周边环境+阴离子部分加弥散函数；

2. 若没有单晶结构，那么需要做构型搜索来确定阴离子位置（如molclus或者CCDC搜索），不能手动摆位盲猜；

3. 如果确定季铵盐为强电解质并且只讨论溶液中的情况（加溶剂模型做优化以及TDDFT等），可以只考虑阳离子部分。

cokie 发表于 2022-11-5 08:16
感谢老师对部分问题的解答。关于剩余问题还有一些疑惑想请教老师：

1. 出现HOMO跑到Br离子的体系中， ...

1. 这个体系已知HOMO确实不应该在Br-上吗？也就是如果发生单电子氧化，确定是阳离子比Br-先被氧化吗？别的论文没有先例也可能只是因为他们的阳离子都比你的更加富电子
2. 当且仅当研究溶液相过程，且实验已知这个盐是强电解质的时候可以

单晶优化最好的做法是，既包含阴离子，又用QM/MM描述周边环境。次好的方法是加一个溶剂模型，溶剂模型的介电常数选成接近或等于你的晶体的介电常数。
“做单晶优化不加溶剂模型”（也不加MM环境）是极大的误区。因为不加溶剂模型表示你算的是气相，而不是固相。显然你的体系的固相和气相的差别，比固相和溶液相的差别要大得多得多。在气相里离子因为没有周边介电环境的稳定作用，有很强的变成中性的倾向，所以HOMO跑到Br-上也不足为奇。
离子的摆位必须通过构型搜索确定（例如用molclus），手动摆的结果是不能发表的。
溴上面必须加弥散