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如何求取平均结果及如何处理金属离子

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charmm36

发布时间: 2022-11-6 09:54

正文摘要:

各位老师和前辈，在此请教GROMACS使用的两个问题：问题1：论文发表要求MD重复运行两次，然后报告平均结果，请问如何用命令求取两次运行的平均值？问题 ...

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charmm36 发表于 Post on 2022-11-10 12:53:28

sobereva 发表于 2022-11-10 11:04
可能是对两次的RMSD、RMSF取平均

好的好的，谢谢社长！

sobereva 发表于 Post on 2022-11-10 11:04:34

charmm36 发表于 2022-11-9 14:15
好的好的，谢谢社长！对了，关于算平均结果，我是看到了这篇文献https://www.sciencedirect.com/science/ ...

可能是对两次的RMSD、RMSF取平均

sobereva 发表于 Post on 2022-11-8 10:33:00

1 你没说清楚你到底算的什么数据，怎么算平均结果无从谈起。

2 看Zn的结合方式。如果是形成稳定的配位键，而且你对配位区域的结构准确性有所要求，得按照金属蛋白的方式去模拟，一开始的拓扑文件里就体现出Zn和配体原子之间的bond、angle项。如果不知道配位区域的结构大致会是怎样，可以跑从头算动力学试图自发模拟出来（如GROMACS结合CP2K等），要么抠个簇模型（参考http://sobereva.com/597），用量化程序通过量化方法去优化出来可能的配位结构。

charmm36 发表于 Post on 2022-11-7 15:45:53

sobereva 发表于 2022-11-6 10:02
发帖时候别用那么大字号，别人看着难受。如果自己眼睛不好，发帖时候放大页面，别用大字号

1 说具体模拟 ...

哈哈，好的，下次记住了，模拟的是Protein in Water。金属离子是Zn2+。想研究配体在酶活性中心的结合。

sobereva 发表于 Post on 2022-11-6 10:02:18

发帖时候别用那么大字号，别人看着难受。如果自己眼睛不好，发帖时候放大页面，别用大字号

1 说具体模拟的什么体系的什么问题

2 说具体什么金属离子

但凡能说清楚的一律尽可能说清楚，别隐藏条件
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

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