我也遇到了这个问题，请问怎么解决的呢

没用过M$。但是分子力学/动力学出现这种情况有可能是某几个原子的距离太小了，或者盒子边上的原子与PBC的镜面里的原子的距离太小了，斥力太大，导致分子跑散了。