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搭建在线量子化学平台 CalcUS

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发布时间: 2022-11-11 14:22

正文摘要:

本帖最后由 wxyhgk 于 2022-11-11 22:47 编辑 更多的可以看官方教程:点我打开 4. 参考教程 4.1 Docker 相关 https://www.dawnsite.cn/archives/204.htmlhttps://www.bilibili.com/video/BV1og4y1q7M4/ ...

回复 Reply

wxyhgk 发表于 Post on 2022-11-22 20:31:16
Zhangzhihe 发表于 2022-11-22 16:47
已解决:备份原有的.env,将新的env中的软件路径补充一下,其余设置保持不变,任然用楼主账号

实在不行,得将 Calcus 目录设置组和权限都是 root ,首先将 CalcUS 文件夹移动到 /home 目录下 ,然后使用命令
  1. sudo chown -R root:root CalcUS/
复制代码


然后进入 home/CalcUS 重新操作试试看
Zhangzhihe 发表于 Post on 2022-11-22 16:47:48
Zhangzhihe 发表于 2022-11-22 15:51
同15楼的问题,在配置自己的账户的时候,报错权限问题(Ubuntu 20.04)
2.3小节,按照自己软件安装位置配 ...

已解决:备份原有的.env,将新的env中的软件路径补充一下,其余设置保持不变,任然用楼主账号
Zhangzhihe 发表于 Post on 2022-11-22 15:51:07
本帖最后由 Zhangzhihe 于 2022-11-22 16:03 编辑

同15楼的问题,在配置自己的账户的时候,报错权限问题(Ubuntu 20.04)
2.3小节,按照自己软件安装位置配置完成之后,bash start.sh 报错 postgres_1     | mkdir: cannot create directory ‘ ’: Permission denied
换用root未解决

TEST1.jpg (321.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 209)

TEST1.jpg

TEST2.jpg (620.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 216)

TEST2.jpg
wxyhgk 发表于 Post on 2022-11-17 16:06:31
本帖最后由 wxyhgk 于 2022-11-17 16:17 编辑
neocc 发表于 2022-11-17 13:36
学习了本机非ROOT的ssh密钥的制作:
1、查看当前用户的家目录是否有.ssh文件夹,如果没有则创建(mkdir  ~ ...
1、查看当前用户的家目录是否有.ssh文件夹,如果没有则创建(mkdir  ~/.ssh),并修改权限(chmod 700 ~/.ssh);

如果是 Ubuntu20.04 系统就可以安装下面的来, centos 还得修改 ssh 配置什么的比较麻烦,这里我就不说了

1. 配置 ssh 免密登录权限
这里其实有些坑爹的地方,我当时写的急,有些东西没说,ssh 配置远程的时候,需要配置这些
  1. chmod 700 ~/.ssh

  2. chmod 644 ~/.ssh/authorized_keys

  3. chmod 600 ~/.ssh/id_rsa
复制代码


2.创建密匙
然后到网站去操作


注意这里的 Cluster Username 是你的远程机器的用户名,不是 wxyhgk

然后复制这里的代码



复制这里的代码

3. 写入密匙
登录 ssh ,使用命令
  1. echo "你刚刚复制的代码" >> ~/.ssh/authorized_keys
复制代码




neocc 发表于 Post on 2022-11-17 13:36:14
学习了本机非ROOT的ssh密钥的制作:
1、查看当前用户的家目录是否有.ssh文件夹,如果没有则创建(mkdir  ~/.ssh),并修改权限(chmod 700 ~/.ssh);
2、生成公钥和私钥,指令:$ ssh-keygen -t rsa       ;一路回车键
3、将生成的公钥传至主机:$ssh-copy-id user@hostname (user是用户,hostname是主机信息)
4、$ cat id_rsa.pub >> authorized_keys
5、测试:$ ssh  user@hostname

附上官网链接:https://help.ubuntu.com/community/SSH/OpenSSH/Keys


然后发现一个问题,使用楼主的账号,public key是楼主的user@hostname 写入authorized_keys里面用不了
然而前面提到的自建账号又会报错,陷入一个循环中。
wxyhgk 发表于 Post on 2022-11-17 09:10:14
neocc 发表于 2022-11-17 01:07
谢谢楼主

我用的是ubuntu20.04

上网搜ssh免密登陆就行了,把密匙放入你本机器就可以了
neocc 发表于 Post on 2022-11-17 01:07:12
wxyhgk 发表于 2022-11-17 00:36
不知道你是什么系统,我测试的系统都是20.04 几个机器都是没问题的。

谢谢楼主

我用的是ubuntu20.04
没有搞定自建账户,就直接用楼主的账号吧

如果是只有一台机器安装了slurm,工作节点和计算节点都是这一台机器,需要如何设置非root用户下的ssh免密和slurm呢?
wxyhgk 发表于 Post on 2022-11-17 00:36:10
neocc 发表于 2022-11-16 16:47
楼主
sudo curl -L "https://get.daocloud.io/docker/compose/releases/download/1.27.3/docker-compose-$ ...

不知道你是什么系统,我测试的系统都是20.04 几个机器都是没问题的。
neocc 发表于 Post on 2022-11-16 18:11:25
在执行
  1. sudo apt install docker.io -y
复制代码
命令的时候如果有报错,可以参考一下解决方案:

安装docker 报错:

  1. $ sudo apt-get install docker.io
复制代码


下列软件包有未满足的依赖关系:
docker.io : 依赖: containerd (>= 1.2.6-0ubuntu1~)
E: 无法修正错误,因为您要求某些软件包保持现状,就是它们破坏了软件包间的依赖关系。

解决:
# 查看是否安装了 containerd
  1. $ dpkg -l containerd*
复制代码

期望状态=未知(u)/安装(i)/删除(r)/清除(p)/保持(h)
| 状态=未安装(n)/已安装(i)/仅存配置(c)/仅解压缩(U)/配置失败(F)/不完全安装(H)/触发器等待(W)/触发器未决(T)
|/ 错误?=(无)/须重装(R) (状态,错误:大写=故障)
||/ 名称                          版本                体系结构            描述
+++-=============================-===================-===================-===============================================================
ii  containerd                    1.5.5-0ubuntu3~18.0 amd64               daemon to control runC
rc  containerd.io                 1.6.6-1             amd64               An open and reliable container runtime

# 如果containerd不存在,则安装
  1. sudo apt install containerd
复制代码

# 如果containerd.io不存在,则安装
  1. sudo apt-get install containerd.io
复制代码

# 安装成功后再安装 docker.io
  1. sudo apt-get install docker.io
复制代码

# 查询版本
  1. docker version
复制代码


其他:

# 如果不行,也可以安装 docker-ce
  1. sudo apt-get install docker-ce
复制代码



参考
docker.io : 取决于: containerd (>= 1.2.6-0ubuntu1~)

请参考:https://blog.csdn.net/p1279030826/article/details/126185482

neocc 发表于 Post on 2022-11-16 16:47:02
本帖最后由 neocc 于 2022-11-16 21:10 编辑

楼主
sudo curl -L "https://get.daocloud.io/docker/compose/releases/download/1.27.3/docker-compose-$(uname -s)-$(uname -m)" -o /usr/local/bin/docker-composesud

应该是需要再把其改名为:/usr/local/bin/docker-compose 吧?



另外重建账号后一直有" mkdir: cannot create directory ‘ ’: Permission denied" 报错需要怎么处理呢? 加上了sudo也不行
wxyhgk 发表于 Post on 2022-11-16 00:03:55
anlancx 发表于 2022-11-15 09:45
这东西计算资源用的谁的

可以用本地服务器也可以用远程服务器
anlancx 发表于 Post on 2022-11-15 09:45:12
这东西计算资源用的谁的
gog 发表于 Post on 2022-11-15 08:23:13
七八万,我们单位的领导都不同意批准,你说能卖多少许可数量?
Meda,Maps,我都了解过,价格贵了,买的单位和个人 数量少。
眼下这种经济形势,科研经费不容易申请到。
ABetaCarw 发表于 Post on 2022-11-14 14:07:06
国内不少公司在做类似的计算平台,有第一性的 有量化的 有生信的 也有MD的…… 要是这玩意推广开了 让那些公司情何以堪啊

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