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功能化碳纳米管电荷计算问题？

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ptg

发布时间: 2022-11-7 22:08

正文摘要:

计划模拟蛋白在功能化的碳纳米管上的吸附，所以碳纳米管比较长，查文献后暂定约4000个C。接着要对碳纳米管进行修饰，因为原子数太多，不知道修饰后的碳纳米管的电荷应当如何计算。如果我均匀地在碳纳米管表面进行修 ...

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sobereva 发表于 Post on 2022-12-4 00:59:42

ptg 发表于 2022-12-3 13:01
卢老师好，抱歉前面有别的事耽搁了，最近才又接着做这项工作。
目前我按照卢老师所说，扣出一个模型进行 ...

N51和N55根本就不可能完全等价。且不说构象，光是化学环境就不完全相同。某些基于OPLS-AA力场里二者等价并不说明任何问题，强制设成相同只不过是个近似罢了。

拟合静电势电荷应当用相对平直、舒展、让原子尽可能多暴露出来的构象，这是基本常识

以标准两步式RESP拟合，H47、H48的原子电荷不可能不同。本来默认就对CH2的两个氢做了等价性约束

过大的文件显然要传网盘

ptg 发表于 Post on 2022-11-9 09:08:08

sobereva 发表于 2022-11-8 12:59
可以对功能化的局部区域抠出个簇去计算原子电荷（用Multiwfn算RESP电荷时，可以要求只让基团以及与之近邻的 ...

感谢老师，我试一试再来问

sobereva 发表于 Post on 2022-11-8 12:59:51

可以对功能化的局部区域抠出个簇去计算原子电荷（用Multiwfn算RESP电荷时，可以要求只让基团以及与之近邻的几个碳原子电荷被拟合，而其它部分电荷为0），然后在sobtop的assign_AT.dat定义恰当的原子类型和对应的原子电荷，使得sobtop产生itp的时候能自动给各种基团及近邻的碳原子指认原子电荷。
更省事、粗糙的办法是让sobtop直接指认MMFF94原子电荷。

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