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求助:纳米压痕模拟,如何创建虚拟刚性球形压头。

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发布时间: 2022-11-8 01:08

正文摘要:

目前正在进行通过反应力场对(金刚石-晶体纤维素)的纳米压痕模拟,在模拟过程中发现金刚石会与纤维素反应(图一),影响实验结果。 通过查找文献,发现一篇文章采用的时虚拟半球形压头(图二),想请教一下虚拟压 ...

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jrfjrf123 发表于 Post on 2024-12-11 10:18:03
皮蛋超人 发表于 2024-12-10 11:54
请问,LAMMPS添加零电荷的刚体球怎么设置啊{:'
谢谢您

可以直接在data文件里定义一个原子,把电荷设置为0就行

或者用set命令设置指定id的原子的电荷为0



皮蛋超人 发表于 Post on 2024-12-10 11:54:23
jrfjrf123 发表于 2022-11-8 13:21
不太清楚你用的模拟软件,

不过如果是lammps的话直接添加一个电荷为0,使用lj/expand势且只存在排斥 ...

请问,LAMMPS添加零电荷的刚体球怎么设置啊{:'
谢谢您
耿无敌 发表于 Post on 2022-11-9 21:18:15
jiminfu 发表于 2022-11-9 12:13
Lammps 里面有fix indent命令,可以设置 sphere,cylinder,plane等多种形状,具体看手册

谢谢您的解答。万分感谢
耿无敌 发表于 Post on 2022-11-9 21:17:37
bluewhale 发表于 2022-11-9 07:39
纳米压痕使用fix indent命令,可设置压痕力、纳米球位置、半径以及纳米球下压的速度。

谢谢您的解答。万分感谢
耿无敌 发表于 Post on 2022-11-9 21:17:16
wzkchem5 发表于 2022-11-9 05:34
金刚石表面一般是被氢原子(视金刚石制备方法而定,有时可能是羟基)饱和的,不能直接从金刚石晶胞里切一块 ...

谢谢您的解答。万分感谢!
jiminfu 发表于 Post on 2022-11-9 12:13:07
耿无敌 发表于 2022-11-8 21:15
谢谢你的回复,我是在Material studio进行建模,在lammps进行模拟的。请问lj/expand势 涉及到分子的范德 ...

Lammps 里面有fix indent命令,可以设置 sphere,cylinder,plane等多种形状,具体看手册

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bluewhale 发表于 Post on 2022-11-9 07:39:17
纳米压痕使用fix indent命令,可设置压痕力、纳米球位置、半径以及纳米球下压的速度。

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wzkchem5 发表于 Post on 2022-11-9 05:34:34
金刚石表面一般是被氢原子(视金刚石制备方法而定,有时可能是羟基)饱和的,不能直接从金刚石晶胞里切一块拿来就用,要把边缘饱和。不然你想想,一整个表面都是碳自由基,当然会和纤维素反应。

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耿无敌 发表于 Post on 2022-11-8 21:15:58
jrfjrf123 发表于 2022-11-8 13:20
不太清楚你用的模拟软件,
不过如果是lammps的话直接添加一个电荷为0,使用lj/expand势且只存在排 ...

谢谢你的回复,我是在Material studio进行建模,在lammps进行模拟的。请问lj/expand势 涉及到分子的范德华力、库仑力、氢键吗?
jrfjrf123 发表于 Post on 2022-11-8 13:21:00


不太清楚你用的模拟软件,

不过如果是lammps的话直接添加一个电荷为0,使用lj/expand势且只存在排斥势 (通过设置cutoff值) 的刚体球就不会有图一这种吸引的情况了

gromacs应该也可以实现,不过不知道怎么做

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jrfjrf123 发表于 Post on 2022-11-8 13:20:40




不太清楚你用的模拟软件,
不过如果是lammps的话直接添加一个电荷为0,使用lj/expand势且只存在排斥势 (通过设置cutoff值) 的刚体球就不会有图一这种吸引的情况了

gromacs应该也可以实现,不过不知道怎么做

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