Frozen-Penguin 发表于 2022-11-8 18:58 谢谢老师，昨晚我认真检查了代码，用您的方法生成了最终结果 |
laoman 发表于 2022-11-8 23:53 谢谢老师，我昨晚试了别的方法，用tpr代替top文件配合trr生成轨迹，已经解决了 （top = 'mdd.tpr' trj = 'md.trr' sys = mda.Universe(top, trj, topology_format='TPR', format='XTC') 我也认为我的top文件出问题了，position 283应该代表是283个字符，但是我认真检查了第283个字符（是TAB键）和别的TAB没什么区别，很是奇怪 |
Jam_ 发表于 2022-11-8 21:49 你的topol文件有25301个原子，我随便找了个相同原子的pdb来当轨迹，可以正常读取。gbk编码涉及中文路径或者中文字符以及标点符号之类的。你再仔细检查一下吧。 
（在ipython中先运行了import MDAnalysis as mda） |
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你这个是在top里面nclude了其他top/itp文件，没法检查include的文件。grompp有-pp选项，可以把所有参数到提取到一个top（大概几千到几万行）文件。你用那个top文件再试试吧 |
Jam_ 发表于 2022-11-8 18:29 这里说的7565行应该指的是考虑所有#include的情况，所以只有top文件不一定能看出来问题在哪里，可以考虑用tpr和trr文件，这样可能更方便，mda.Universe('abc.tpr','abc.trr') |
GWFM-COOH.top
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不好意思，trr文件太大了，上传不了 这里有top应该也能测试 |
laoman 发表于 2022-11-8 18:23 谢谢回答，刚试了您的方法，把top文件转换了下，还是没能解决这个问题 我的文件没有7565行，总字数也不错160多。我把用到的trr和top附上，麻烦您帮我看看 |
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一个可以在Linux尝试的命令是 dos2unix *.top 而且这里提示7565行出问题了，你检查一下top的7565行，是不是有什么特殊符号？ |
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