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关于同类分HOMO-LUMO能级差值与实验稳定性结果相反

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GHL
发布时间: 2022-11-9 13:34

正文摘要:

本帖最后由 GHL 于 2022-11-9 13:53 编辑 在采用了gentor+moclus软件对 分子构象进行了搜索后,发现最低能量构象的HOMO-LUMO能极差值与实验中化合物稳定性结果不一致,不知道那一块出现了问题。 苷元的相关参数 ...

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wzkchem5 发表于 Post on 2022-11-11 19:43:02
GHL 发表于 2022-11-11 11:30
大佬您好,我想问一下是否我的方法里应该加入  谐振频率校正因子  因为分子间的差异比较小。但是自己也刚 ...

加上比不加好,但是即使不加,对结果的影响也很小。
如果你计算结果和实验结果确实明显不符(既远大于计算方法误差,又远大于实验误差),那么建议首先从泛函、基组、构象搜索、溶剂模型等方面找问题
GHL 发表于 Post on 2022-11-11 18:30:29
wzkchem5 发表于 2022-11-9 14:44
同类物质也未必成立。仔细阅读https://mattermodeling.stackexchange.com/questions/7150/how-reactivity ...

大佬您好,我想问一下是否我的方法里应该加入  谐振频率校正因子  因为分子间的差异比较小。但是自己也刚入门。不知道对我的计算记过有多大帮助,之前一些构象搜索都做了,计算结果还是有些不符,包括电离势IP
GHL 发表于 Post on 2022-11-9 15:28:51
wzkchem5 发表于 2022-11-9 14:44
同类物质也未必成立。仔细阅读https://mattermodeling.stackexchange.com/questions/7150/how-reactivity ...

非常感谢大佬的指点,我也不用执着计较这些了
wzkchem5 发表于 Post on 2022-11-9 15:15:35
GHL 发表于 2022-11-9 08:02
我对比的是同类物质,不带糖苷的可以的,带上糖苷的就没有规律,是不是构象搜素不对?

简单来说,分解反应并不一定是HOMO和LUMO参与的,可能其他轨道贡献更大。
预测稳定性,最靠谱的方法是把可能的分解途径都画出来,算自由能垒。不要去看什么HOMO-LUMO gap,那个东西的正确率只是比瞎猜高一些而已,因为你连分解途径都不知道的话,根本不知道什么时候这个分子的分解是只有HOMO和LUMO参与,什么时候其他轨道参与得更多。
GHL 发表于 Post on 2022-11-9 15:02:05
chands 发表于 2022-11-9 14:48
我读书少,你唔好呃我。

我对比的是同类物质,不带糖苷的可以的,带上糖苷的就没有规律,是不是构象搜素不对?
chands 发表于 Post on 2022-11-9 14:48:57
GHL 发表于 2022-11-9 14:28
我看过这篇文章,其中有“很多文章喜欢拿HOMO-LUMO gap说事,谁比较小就说谁的反应活性更高。这确实有一 ...

我读书少,你唔好呃我。
wzkchem5 发表于 Post on 2022-11-9 14:44:15
GHL 发表于 2022-11-9 07:28
我看过这篇文章,其中有“很多文章喜欢拿HOMO-LUMO gap说事,谁比较小就说谁的反应活性更高。这确实有一 ...

同类物质也未必成立。仔细阅读https://mattermodeling.stackexch ... -and-lumo/7154#7154,了解为什么即使对于同类物质,反应性也未必和HOMO-LUMO gap趋势相符。
GHL 发表于 Post on 2022-11-9 14:28:30
chands 发表于 2022-11-9 13:55
正确地认识分子的能隙(gap)、HOMO和LUMO http://sobereva.com/543
MIND THE GAP.

我看过这篇文章,其中有“很多文章喜欢拿HOMO-LUMO gap说事,谁比较小就说谁的反应活性更高。这确实有一定依据,但一定要注意这种分析仅限于类似物,若用于对比两个特征相差甚巨的分子的反应活性,那纯属伪科学”
我这些是同类物质对比
chands 发表于 Post on 2022-11-9 13:55:39
本帖最后由 chands 于 2022-11-9 13:56 编辑

正确地认识分子的能隙(gap)、HOMO和LUMO http://sobereva.com/543
MIND THE GAP.

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