Melodrama 发表于 2022-11-9 21:38
我看到有人用脚本通过python可以自动粗粒化，不知道这是什么原理

我用过automartini，但也容易造成不符合预期。比如，十六烷基三甲基氯化铵阳离子部分，它就默认每三个碳为一个珠子，最后剩的四个碳为一个珠子。而我想用平均法，每四个碳作为一个珠子，就不行，要自己手动调，但我不会调。
这个也有在线服务器，但只能识别低于十二个重原子的分子。

我看到有人用脚本通过python可以自动粗粒化，不知道这是什么原理

MS中自带的martini的参数不全，需要自己去补充，看一下这一篇 J. Phys. Chem. B 2007, 111, 7812-7824 。如果某些珠子没有合适的参数，还需要自己拟合，参考一下J. Phys. Chem. B 2012, 116, 14353-14362 ，提到了方法和步骤，但这个步骤就很有点复杂，我一看就放弃了。就算你自己补充好了参数，计算速度可能也慢的令你无法接受，比如一万珠子，6149 CPU，8核/每任务，一天才能跑100 ns左右，即使提高核数，对速度也无明显正面作用。而且martini的精度差得多，很多性质都没法描述，比如氢键。如果你加抗冻水的数量不合适，会导致常温下就结冰（比如300 K就会结冰）。尽管MS最新版里面几个模块宣称支持GPU加速，但我也只是瞄了一眼罢了，网上暂时也没有见过报道。

还不如用gmx，免费，灵活，直接无脑就用全原子力场，精度很好，速度快，16核+1080TI GPU，一万原子的话，一天大约能跑600~700 ns左右 。如果是用三点水模型，gmx版本≥2020，一天跑900 ns不是问题。更高的GPU，计算速度可以更快。

有那个买MS的钱，还不如多加几个GPU。
参加一下这个班  http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html，不到两千块钱，就可以迅速给学员喂饱，直接抄作业也毫无难度，没有任何阳间的理由还要用MS