求助VMD画二维材料的径向分布函数（RDF）图出错

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发布时间: 2022-11-11 20:25

本帖最后由 chen0201 于 2022-11-12 18:49 编辑用vasp跑了一个二维材料的AIMD过程，但是导出数据用VMD画图时一直报错，请问这种怎么解决呢？另外，文献是可以跑出来并且画出来的

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hdmd 发表于 Post on 2024-5-19 17:17:10

飞飞fly 发表于 2024-5-10 12:33
您好，这样算出来的配位数是可以用的吗

如果体系足够大（盒子边缘原子数占比足够小），几乎没有影响

飞飞fly 发表于 Post on 2024-5-10 12:33:45

hdmd 发表于 2022-11-29 21:19
把USE PBC去掉

您好，这样算出来的配位数是可以用的吗

chen0201 发表于 Post on 2023-2-10 10:53:12

hdmd 发表于 2023-2-2 16:36
如果是只分析第一峰，理论上是可以用的

好的，谢谢您

hdmd 发表于 Post on 2023-2-2 16:36:04

chen0201 发表于 2023-2-2 15:12
那请问这样的结果是可以用的吗？没有收敛到一的结果。

如果是只分析第一峰，理论上是可以用的

chen0201 发表于 Post on 2023-2-2 15:12:01

hdmd 发表于 2023-1-29 09:52
取消PBC RDF肯定不到1了，只能用来对比第一个峰

那请问这样的结果是可以用的吗？没有收敛到一的结果。

hdmd 发表于 Post on 2023-1-29 09:52:38

chen0201 发表于 2022-12-17 11:53
老师，我还想问下，我取消了PBC确实可以画径向分布图，但是结果不收敛到1，请问这个怎么解决啊？

取消PBC RDF肯定不到1了，只能用来对比第一个峰

chen0201 发表于 Post on 2022-12-17 11:53:03

hdmd 发表于 2022-11-29 21:19
把USE PBC去掉

老师，我还想问下，我取消了PBC确实可以画径向分布图，但是结果不收敛到1，请问这个怎么解决啊？

chen0201 发表于 Post on 2022-12-3 12:21:47

hdmd 发表于 2022-11-29 21:19
把USE PBC去掉

可以啦！！！！谢谢老师！太感谢啦！

hdmd 发表于 Post on 2022-11-29 21:19:35

把USE PBC去掉

chen0201 发表于 Post on 2022-11-29 21:07:40

sobereva 发表于 2022-11-22 00:37
非正交盒子的情况，可以用VMD转出来trr和gro文件，用GROMACS的gmx rdf工具计算rdf

好的，谢谢老师，我去试试

chen0201 发表于 Post on 2022-11-26 16:16:44

本帖最后由 chen0201 于 2022-11-26 16:39 编辑

lyj714 发表于 2022-11-21 16:33
你自己看那个终端的黑框报错，说明vmd计算rdf的工具只适用于正交盒子体系，而你的体系并不是。

这样啊，明白了，我的确实不是正交盒子体系，谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2022-11-22 00:37:36

非正交盒子的情况，可以用VMD转出来trr和gro文件，用GROMACS的gmx rdf工具计算rdf

lyj714 发表于 Post on 2022-11-21 16:33:50

chen0201 发表于 2022-11-21 16:09
是正确的，但是我体系有多个相同的原子，请问这个怎么实现两个原子之间的径向分布函数吗？

你自己看那个终端的黑框报错，说明vmd计算rdf的工具只适用于正交盒子体系，而你的体系并不是。

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