sobereva 发表于 2022-11-12 22:35
先别加-compound fragment
并且处理后重新判断成键
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题

感谢社长大大，直接pbc wrap -all可以把原子都卷到盒子里了。后续还有办法让截断的片段保持完整嘛。尝试了pbc wrap -compound fragment 和pbc wrap -all -compound fragment 都不行。

luzujia 发表于 2022-11-12 21:22
谢谢社长的解答~。不过我按您的指导尝试了一下，命令正常执行了，为什么没效果呢，原子还是会跑出去，被 ...

先别加-compound fragment
并且处理后重新判断成键
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

luzujia 发表于 2022-11-12 22:12
谢谢您的指导和提醒。初始结构是用cif生成的，检查了一下也很合理。我刚刚搜索了一下”跑散“的概念，我 ...

VMD不能识别体系是否跑散，不过如果分子正常逸出盒子（并且没有剧烈分解），用了wrap后还能看出分子的结构。你的体系原来分子结构已经散架了。

看你的体系有一堆N原子，是不是炸药？我没算过爆炸体系，不知温度该怎么设。不过一般模拟还是按实际体系的温度来算，如果反应太慢，就找过渡态算能垒，或者用增强采样（如metadynamics之类）来算。

chands 发表于 2022-11-12 21:32
感觉是跑散了，看一下初始结构有没有原子间距太小（包括与PBC镜像的间距太小）。、

谢谢您的指导和提醒。初始结构是用cif生成的，检查了一下也很合理。我刚刚搜索了一下”跑散“的概念，我这个体系跑散是不是说明它汽化了啊，我的温度设比比较高（3000K）。不过我想研究它的热分解机理，想要算得快点温度就是要设高点吧？我还有一个问题，wrap命令的原理不是强行把坐标放到0~T区间内嘛，vmd是怎么识别体系是跑散了还是正常的逸出盒子呢

luzujia 发表于 2022-11-12 21:22
谢谢社长的解答~。不过我按您的指导尝试了一下，命令正常执行了，为什么没效果呢，原子还是会跑出去，被 ...

感觉是跑散了，看一下初始结构有没有原子间距太小（包括与PBC镜像的间距太小）。、

计算时候考虑PBC和输出轨迹时按照PBC记录是两码事
CP2K输出的轨迹需要用VMD做一下wrap卷进盒子里

周期性并不代表限制性，盒子内的分子跑出去了说明就有其他周期的分子跑进来，可以wrap一下看看