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使用plumed对metadynamics结果使用block averaging做误差分析的疑问

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函数与激情

发布时间: 2022-11-12 23:33

正文摘要:

我使用CP2K接口Plumed完成一项AIMD metadynamics模拟（height: 0.15 kcal/mol, width: 0.08 angstrom），想利用plumed的block averaging方法做出自由能error bar，根据plumed官方网站做出来的误差实在有点太小了（0. ...

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wolfli369 发表于 Post on 2022-11-14 10:58:27

函数与激情发表于 2022-11-13 21:04
plumed的官方tutorial说的很详细哦，https://www.plumed.org/doc-v2.7/user-doc/html/masterclass-21-4.h ...

收到，谢谢

fhh2626 发表于 Post on 2022-11-14 09:41:03

函数与激情发表于 2022-11-13 17:29
请教付老师这种情况下一般怎么分析误差较好

MtD我感觉只有做重复模拟是最严谨的

函数与激情 发表于 Post on 2022-11-13 21:04:16

wolfli369 发表于 2022-11-13 19:41
请问这个计算方法有详细步骤吗？想学习一下

plumed的官方tutorial说的很详细哦，https://www.plumed.org/doc-v2.7/ ... sterclass-21-4.html，网站上还有很多类似的教程

wolfli369 发表于 Post on 2022-11-13 19:41:18

请问这个计算方法有详细步骤吗？想学习一下

函数与激情 发表于 Post on 2022-11-13 17:29:44

fhh2626 发表于 2022-11-13 17:23
这种方法算误差属于骗自己，还不如不放。。。

请教付老师这种情况下一般怎么分析误差较好

fhh2626 发表于 Post on 2022-11-13 17:23:38

这种方法算误差属于骗自己，还不如不放。。。

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