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在WSL下的Ubuntu 22.04中安装VASP 6.3.2与CP2K v2022.2

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发布时间: 2022-11-15 16:58

正文摘要:

本帖最后由 qlyfe 于 2022-11-17 23:40 编辑 最近因课题需要转做第一性原理计算了,想着在自己的笔记本电脑上面安装VASP和CP2K来练习,就干脆写个帖子做个记录。由于对计算机和Linux系统比较小白,有问题还望各位 ...

回复 Reply

高章磊 发表于 Post on 2025-6-20 14:36:19
2025年6月20日亲测在自组ubantu系统中能够按照此教程完成对cp2k的安装。但有几个不一样的地方需要注意:
1. https://github.com/cp2k/cp2k/releases/的链接在我安装时已经更新至2025.1版本,故文中所有2022.2的部分需要根据自己当时安装的版本稍作修改。
2. 对于不使用和安装vasp仅想完成cp2k安装的人请注意仍然需要执行题主提醒的下面这段代码安装好这些库,否则在安装cp2k时会报错
sudo apt install build-essential gfortran libopenblas-dev libopenmpi-dev libscalapack-openmpi-dev libfftw3-dev libhdf5-openmpi-dev libfftw3-mpi-dev cmake pkg-config
3. 在安装的最后阶段make -j 8 ARCH=local VERSION="ssmp psmp"这里需要根据你实际机子的核数更改数字,不要照抄。例如我的服务器是32核这里就不写8而是写32。而且其实可以在这里把sopt和popt也加上去这样可以把四个版型的cp2k都安装上,所以这里的命令其实可以写成
make -j ** ARCH=local VERSION="sopt ssmp popt psmp"
其中**为你服务器的核数。

以上为个人实测和一些见解希望对后来者有所帮助,也欢迎大家指正!
TRWang 发表于 Post on 2024-11-10 16:32:15
编译完成了,但是hdf5报错该怎么解决,系统是ubuntu24

202411101631136194..png (28.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 40)

202411101631136194..png
ilikit 发表于 Post on 2023-7-27 17:05:59
感谢楼主的教程,按照教程我在安装Vasp6.3.2的时候出现了问题,无法正常编译。经过查询,发现在这一步“对makefile.include中## Customize as of this point!之后的部分进行修改”的代码中添加一行
LLIBS += $(SCALAPACK) $(BLASPACK)   
即可解决,如果有朋友也出现编译不了Vasp的情况,可以尝试下面的代码替换楼主相应的代码。
  1. # BLAS and LAPACK (mandatory)
  2. #OPENBLAS_ROOT ?= /path/to/your/openblas/installation
  3. BLASPACK    = -lopenblas

  4. # scaLAPACK (mandatory)
  5. #SCALAPACK_ROOT ?= /path/to/your/scalapack/installation
  6. SCALAPACK   = -lscalapack-openmpi

  7. LLIBS      += $(SCALAPACK) $(BLASPACK)

  8. # FFTW (mandatory)
  9. #FFTW_ROOT  ?= /path/to/your/fftw/installation
  10. LLIBS      += -lfftw3 -lfftw3_omp
  11. INCS       += -I/usr/include

  12. # HDF5-support (optional but strongly recommended)
  13. CPP_OPTIONS+= -DVASP_HDF5
  14. #HDF5_ROOT  ?= /path/to/your/hdf5/installation
  15. LLIBS      += -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/openmpi/ -lhdf5_fortran
  16. INCS       += -I/usr/include/hdf5/openmpi/
复制代码




另外,我在WSL2中运行vasp6.3.2计算能带结构时,容易出现内存不足无法运行的情况,不知道楼主有没有碰到过?


qlyfe 发表于 Post on 2023-4-8 14:20:57
本帖最后由 qlyfe 于 2023-4-8 17:15 编辑
hlmkh 发表于 2023-2-24 23:37
Can you share VASP 6.3.2

I am sorry but VASP is copyright-protected software. I cannot share it with you.
hlmkh 发表于 Post on 2023-2-24 23:37:29
qlyfe 发表于 2022-11-17 13:03
看了一下制作镜像有点复杂我的需求就是能在自己的windows笔记本下做一些练习就行,在服务器上一 ...

Can you share VASP 6.3.2
abin 发表于 Post on 2022-12-26 21:30:49
neocc 发表于 2022-11-17 01:11
谢谢楼主~~

刚刚去rockylinux官网查了一下,发现有 wsl 的安装方法,就是不知道最新发行版里的gcc是否 ...

apptainer / singularity等技术方案的核心要点就是,
在A机器上制作的东西, 当然可以拿到B机器上使用了。

前提是, A和B都是Linux系统, 内核大概不能低于3.2之类的。
然后, 然后就没有了。

实际操作的就是,
在HPC, 作为用户, 使用root权限是痴心妄想。
那么在虚拟机中的Linux, 你当然有root权限了, 你当然可以做你想做的事情,
比如做一个SIF。
那这个SIF去HPC,当然可以使用了。

前提当然是, HPC上安装有apptainer / singularity.

这东西,apptainer / singularity, 是不能逃脱slurm/cgroup管制的,
也不会有docker哪些权限问题。

mwx 发表于 Post on 2022-12-1 10:26:26
neocc 发表于 2022-11-16 15:12
请问楼主,win11怎么设置wls2的gui呢?
可以wls可以支持GPU嚒?
还有一个小问题:wsl可以装rockylinux嚒 ...

可以安装图形界面。
安装xorg(包括显卡驱动、图形环境库等等一系列软件包)
sudo apt install xorg
安装xfce4(运行在类Unix操作系统上,提供轻量级桌面环境)
sudo apt install xfce4 弹出图形界面后按确认键
安装xrdp(一种开源的远程桌面协议(RDP)服务器)
sudo apt install xrdp
配置xrdp(配置端口)默认端口号为3389,此处配置为3390
sudo sed -i 's/port=3389/port=3390/g' /etc/xrdp/xrdp.ini
向.xsession中写入xfce4-session
sudo echo xfce4-session >~/.xsession
安装ubuntu桌面软件(如果不需要太多软件,可不用这步)
sudo apt-get install ubuntu-desktop
重启xrdp服务
sudo service xrdp restart(每次使用都要重启,除非在桌面设置不休眠)
查找本机ip
ifconfig
打开远程桌面连接,计算机栏输入ip(或者localhost),用户名栏输入子系统用户名和密码,点击连接。
qlyfe 发表于 Post on 2022-11-17 13:03:07
neocc 发表于 2022-11-17 01:11
谢谢楼主~~

刚刚去rockylinux官网查了一下,发现有 wsl 的安装方法,就是不知道最新发行版里的gcc是否 ...

看了一下制作镜像有点复杂我的需求就是能在自己的windows笔记本下做一些练习就行,在服务器上一般也不会用Ubuntu的
Daniel_Arndt 发表于 Post on 2022-11-17 04:42:27
neocc 发表于 2022-11-17 01:11
谢谢楼主~~

刚刚去rockylinux官网查了一下,发现有 wsl 的安装方法,就是不知道最新发行版里的gcc是否 ...

rocky linux有qcow2,可以看 https://download.rockylinux.org/pub/rocky/8/images/x86_64/https://download.rockylinux.org/pub/rocky/9/images/x86_64/ 。你可以用qcow2来做WSL,我之前在AlmaLinux 9上试过 http://bbs.keinsci.com/thread-30908-1-1.html
neocc 发表于 Post on 2022-11-17 01:11:14
本帖最后由 neocc 于 2022-11-17 01:17 编辑
qlyfe 发表于 2022-11-16 19:40
GUI这方面我不太清楚呢,我自己没有用过
GPU是支持的,可以参考论坛里其他老师同学的帖子,如WSL2下gpu ...

谢谢楼主~~

刚刚去rockylinux官网查了一下,发现有 wsl 的安装方法,就是不知道最新发行版里的gcc是否满足cp2k2022.2的要求。版本太新就麻烦了,等有空了试一试

建议楼主可以尝试制作一个全功能ubuntu版的singularity的cp2k2022.2版sif镜像。(ubunt默认的dash好多坑,直接拿centos发行版制作的sif镜像还不能直接用)

CP2K-singularity镜像分享 - 第一性原理 (First Principle) - 计算化学公社
[url=CP2K-singularity镜像分享 - 第一性原理 (First Principle) - 计算化学公社 http://bbs.keinsci.com/forum.php ... mp;page=1#pid209168]http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=30907&page=1#pid209168[/url]

qlyfe 发表于 Post on 2022-11-16 19:40:54
neocc 发表于 2022-11-16 15:12
请问楼主,win11怎么设置wls2的gui呢?
可以wls可以支持GPU嚒?
还有一个小问题:wsl可以装rockylinux嚒 ...

GUI这方面我不太清楚呢,我自己没有用过
GPU是支持的,可以参考论坛里其他老师同学的帖子,如WSL2下gpu版lammps编译详细版
官方给出的版本里面是没有rockylinux的,你可以用wsl -l -o来查询,有没有别的办法可以安装我就不清楚了
neocc 发表于 Post on 2022-11-16 15:12:59
请问楼主,win11怎么设置wls2的gui呢?
可以wls可以支持GPU嚒?
还有一个小问题:wsl可以装rockylinux嚒?

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